生体内ネットワークの構造推定のためのS-systemモデルの構造制限付き最適化(バイオインフォマティックス)
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概要
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生体細胎内には代謝系や遺伝子間制御などのネットワークがある.そこでは化学物質や遺伝子の発現量などがノード,化学反応のスキームや制御関係,依存関係がエッジとなる.現在それらの構造はほとんど未知であるが,DNAチップなどといった,実験技術の進歩は近年めざましく,大量のデータが短期間で得られるようになってきた.しかし観察結果からネットワーク構造などの高次知識を得るための方法は未だ乏しく,人手で推測を重ねていくのが一般的である.我々は,時系列データをもとにネットワーク構造を推定するアルゴリズムを開発した.これは各ノードの経時変化のみから遺伝的アルゴリズム(GA)でS-systemモデルを推定することで行う。またネットワークにスケールフリー性を仮定することによる推定精度の向上をケーススタディで確認した.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2003-12-11
著者
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高橋 勝利
産業技術総合研究所生命情報科学研究センター
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富永 大介
独立行政法人産業技術総合研究所生命情報科学研究センター
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富永 大介
産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
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高橋 勝利
産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
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高橋 勝利
産業技術総合研究所
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