Smith-WatermanアルゴリズムにおけるGPUを用いた実装方法の一提案(高性能コンピュータシステム,デザインガイア2009-VLSI設計の新しい大地-)
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概要
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本稿では,Smith-Waterman (SW)アルゴリズムをGPU上で並列計算させるための設計,実装を行う.実装では,二つのシーケンスのアライメントマトリックスを小領域に分割し,それらをwarp単位でスレッドに割り当て計算を行う.評価の結果,9.09GCUPS (Giga Cell Update per Second)から12.71GCUPSの性能を達成し,4つのGPUコアを用いた場合では,29.46GCUPSから43.05GCUPSの性能を達成した.現在発表されている最も高速なGPU上での実装と比較して,最大46%の高速化に成功した.
- 2009-11-26
著者
-
濱田 剛
長崎大学工学部
-
柴田 裕一郎
長崎大学工学部
-
土肥 慶亮
長崎大学大学院生産科学研究科
-
柴田 裕一郎
長崎大学大学院生産科学研究科
-
濱田 剛
長崎大学大学院生産科学研究科
-
小栗 清
長崎大学大学院生産科学研究科
-
柴田 裕一郎
長崎大学
-
LING Cheng
The University of Edinburgh, School of Engineering
-
BENKRID Khaled
The University of Edinburgh, School of Engineering
-
小栗 清
長崎大学
-
Benkrid Khaled
The University Of Edinburgh School Of Engineering
-
Ling Cheng
The University Of Edinburgh School Of Engineering
-
柴田 裕一郎
長崎大学大学院工学研究科
-
小栗 清
長崎大学大学院工学研究科
-
土肥 慶亮
長崎大学大学院工学研究科生産システム工学専攻
-
土肥 慶亮
長崎大学大学院工学研究科
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