FPGAを用いた生化学シミュレータにおける反応速度式の類似性に着目した演算パイプライン自動結合アルゴリズム(リコンフィギャラブル応用)
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概要
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FPGAを用いたシミュレーションシステムでは,回路をチップ上になるべく多く実現することによって並列効果を見込めることから,所望の回路を小規模に実現する技術が重要となる.本稿では,シミュレーションの対象となる生化学モデルに用いられる複数の反応速度式について,各々のデータフローグラフに共通に現れる演算群を自動的に抽出し,これを共有化することで回路規模を削減する手法を提案する.評価の結果,平均23.43%のスループットの悪化が認められたものの,最大88.13%の回路面積の削減を得ることが出来た.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2008-09-18
著者
-
西川 由理
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
天野 英晴
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
柴田 裕一郎
長崎大学工学部
-
小栗 清
長崎大学工学部
-
吉見 真聡
同志社大学理工学部
-
山田 英樹
帝京大学外科
-
天野 英晴
慶應義塾大学
-
山田 英樹
長崎大学
-
石森 智也
長崎大学
-
舟橋 啓
慶應義塾大学
-
広井 賀子
慶應義塾大学
-
広井 賀子
EMBL-EBI, Wellcome Trust Genome Campus
-
山田 英樹
長崎大学工学部情報システム工学科
-
石森 智也
長崎大学工学部
-
長名 保範
慶應義塾大学理工学部
-
吉見 真聡
慶應義塾大学
-
山田 英樹
Ntt情報流通プラットフォーム研究所
-
西川 由理
慶応義塾大学理工学部
-
柴田 裕一郎
長崎大学
-
天野 英晴
慶應義塾大学理工学部
-
長名 保範
成蹊大学理工学部情報科学科
-
広井 賀子
慶應義塾大学 理工学部
-
舟橋 啓
慶應義塾大学 理工学部
-
小栗 清
長崎大学
-
長名 保範
慶應義塾大学大学院理工学研究科
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