RC-012 FPGAに基づく生化学シミュレータにおける反応速度式の類似性に着目したパイプライン自動構築(ハードウェア・アーキテクチャ,査読付き論文)
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概要
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FPGAを用いたシミュレーションシステムでは,回路をチップ上になるべく多く実現することによって並列効果を期待できることから,所望の回路を小規模に実現する技術が重要となる.本稿ではFPGAにおける生化学モデルのシミュレーションを対象に,シミュレーションターゲットに含まれる反応速度式の類似性に着目し,共通の演算回路群を自動的に結合し面積効率のよいパイプラインを合成する手法を提案する.また,この結合によるマルチプレクサの増大が招く周波数低下を抑制するために,反応速度式を類似のグループに分類する手法を提案する.実際の生化学モデルを用いた評価の結果,適切な反応速度式のクラスタリングを行えば,本手法を使わない場合に比べて約66%のハードウェア量で同等のシミュレーションを実行でき,その際の性能上のオーバヘッドは約20%であることが分かった.
- 2009-08-20
著者
-
西川 由理
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
天野 英晴
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
長名 保範
成蹊大学理工学部
-
柴田 裕一郎
長崎大学工学部
-
小栗 清
長崎大学工学部
-
吉見 真聡
同志社大学理工学部
-
山田 英樹
帝京大学外科
-
天野 英晴
慶應義塾大学
-
大屋 智範
長崎大学
-
山田 英樹
長崎大学
-
石森 智也
長崎大学
-
舟橋 啓
慶應義塾大学
-
広井 賀子
慶應義塾大学
-
山田 英樹
Ntt情報流通プラットフォーム研究所
-
西川 由理
慶応義塾大学理工学部
-
柴田 裕一郎
長崎大学
-
長名 保範
成蹊大学理工学部情報科学科
-
広井 賀子
慶應義塾大学 理工学部
-
舟橋 啓
慶應義塾大学 理工学部
-
小栗 清
長崎大学
-
山田 英樹
長崎大学大学院生産科学研究科
-
石森 智也
長崎大学大学院生産科学研究科
-
大屋 智範
長崎大学大学院生産科学研究科
-
吉見 真聡
同志社大学工学部
-
吉見 真聡
同志社大学 理工学部
-
吉見 真聡
同志社大学
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