FPGAを用いた確率モデル生化学シミュレータ(リコンフィギャラブルシステム)
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概要
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確率モデル生化学シミュレーションアルゴリズム(SSA)は,定義した生化学システムの確率的挙動を厳密に計算できるアルゴリズムとして知られている.しかし,SSAの実行には膨大な計算時間が必要であり,高速な実行環境が求められている.本論文では,高速実行の一手法として,Xilinx社のFPGA(XC2VP70-5)を用いて,SSA(First Reaction Method)を実行する回路を実装,評価した結果について述べる.高速化は,パイプライン化した演算ユニットを使い,複数スレッドのシミュレーションを同時に実行することで実現する.シミュレータ回路は,中間データをBlockRAMに保持し対象の生化学システムごとの回路再構成を要しない,実用的な構造になっている.ベンチマーク的に定義できる生化学システムTIS,D4Sで評価した結果,Xeon 2.80GHzによる実行と比較して,TISでは約83倍,D4Sでは約95倍のスループット向上が可能であることを確認した.
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2007-02-15
著者
-
西川 由理
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
天野 英晴
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
柴田 裕一郎
長崎大学工学部
-
吉見 真聡
同志社大学理工学部
-
天野 英晴
慶應義塾大学
-
舟橋 啓
慶應義塾大学
-
広井 賀子
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
長名 保範
慶應義塾大学理工学部
-
岩岡 洋
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
小嶋 利紀
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
舟橋 啓
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
広井 賀子
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
岩永 直樹
長崎大学工学部情報システム工学科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興事業団erato北野共生システムプロジェクト : Robocup-rescue技術委員会
-
西川 由理
慶応義塾大学理工学部
-
長名 保範
成蹊大学理工学部情報科学科
-
広井 賀子
慶應義塾大学 理工学部
-
舟橋 啓
慶應義塾大学 理工学部
-
小嶋 利紀
慶應義塾大学理工学部
-
長名 保範
慶應義塾大学大学院理工学研究科
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