FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiP向けの数値積分機構の実装と評価(リコンフィギャラブル応用I, リコンフィギャラブルシステム, 一般)
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概要
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細胞内における生命現象の数理的モデリングとシミュレーションは、現代の生物学において重要な位置を占めつつある。しかし、一般的に利用されている高性能計算システムのスループットは、これらの大規模な数値シミュレーションには充分ではなく、さらに高い処理能力をもつ計算システムが求められている。ReCSiPは、FPGAを用いて高速なシミュレーションを実現するシステムとして開発が進めており、反応速度式を解くモジュールと数値積分を行うモジュールを組み合わせた回路をFPGA上に展開して処理を行う。本研究報告では、従来の実装で用いられていたEuler法に代わり、より安定な数値積分の方法であるHeun法のReCSiPへの実装結果を示す。性能評価の結果、Euler法とほぼ同等の面積および動作周波数を維持することができた。
- 2005-05-05
著者
-
吉見 真聡
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
天野 英晴
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
柴田 裕一郎
長崎大学工学部
-
天野 英晴
慶應義塾大学
-
広井 賀子
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
長名 保範
慶應義塾大学理工学部
-
岩岡 洋
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
舟橋 啓
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
広井 賀子
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
岩永 直樹
長崎大学工学部情報システム工学科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興事業団erato北野共生システムプロジェクト : Robocup-rescue技術委員会
-
長名 保範
成蹊大学理工学部情報科学科
-
広井 賀子
慶應義塾大学 理工学部
-
舟橋 啓
慶應義塾大学 理工学部
-
長名 保範
慶應義塾大学大学院理工学研究科
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