データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討(FPGAとその応用及び一般)
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概要
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確率モデル生化学シミュレーションアルゴリズム(SSA)は, 生化学システムの厳密なシミュレーションが可能である一方, 膨大な計算時間を要求することが知られている.本研究報告では, Next Reaction Method (SSA-NRM)をFPGA上で高スループットに実行することを目的として, シミュレーションデータ部分(DU)と計算部分のデータ転送をルータを介して接続する手法に関しての予備評価を行った.その結果, 単一のシミュレーション速度は汎用プロセッサに劣るものの, 中規模なFPGAに15個以上のDUを搭載可能であるため, 汎用プロセッサの演算能力を超える性能が期待できることがわかった.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2006-01-11
著者
-
西川 由理
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
天野 英晴
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
柴田 裕一郎
長崎大学工学部
-
天野 英晴
慶應義塾大学
-
広井 賀子
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
長名 保範
慶應義塾大学理工学部
-
岩岡 洋
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
小嶋 利紀
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
舟橋 啓
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
広井 賀子
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
岩永 直樹
長崎大学工学部情報システム工学科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興事業団erato北野共生システムプロジェクト : Robocup-rescue技術委員会
-
西川 由理
慶応義塾大学理工学部
-
長名 保範
成蹊大学理工学部情報科学科
-
広井 賀子
慶應義塾大学 理工学部
-
舟橋 啓
慶應義塾大学 理工学部
-
小嶋 利紀
慶應義塾大学理工学部
-
長名 保範
慶應義塾大学大学院理工学研究科
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