FPGAを用いた生化学シミュレータ向けSBML処理系の構築(リコンフィギャラブル応用I)
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
計算機を利用した生化学反応のシミュレーションが行なわれるようになってきた。大規模なシミュレーションモデルを扱う場合、膨大な計算時間を要するため、FPGAを用いてシミュレーションを高速化する研究が行われている。しかし、これまでの研究は主としてアルゴリズムの高速化であり、ユーザの利便性は考えられていなかった。そこでシステム生物学ではデファクトスタンダードとして用いられているモデル記述言語SBMLを利用可能とするためのインタフェイスソフトウェアを実装し、その際のオーバーヘッドなどの評価を取った。
- 2005-09-08
著者
-
西川 由理
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
天野 英晴
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
柴田 裕一郎
長崎大学工学部
-
天野 英晴
慶應義塾大学
-
広井 賀子
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
長名 保範
慶應義塾大学理工学部
-
岩岡 洋
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
小嶋 利紀
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
舟橋 啓
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
広井 賀子
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
岩永 直樹
長崎大学工学部情報システム工学科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興事業団erato北野共生システムプロジェクト : Robocup-rescue技術委員会
-
長名 保範
成蹊大学理工学部情報科学科
-
広井 賀子
慶應義塾大学 理工学部
-
舟橋 啓
慶應義塾大学 理工学部
-
小嶋 利紀
慶應義塾大学理工学部
-
長名 保範
慶應義塾大学大学院理工学研究科
関連論文
- MIPS R3000プロセッサにおける細粒度動的スリープ制御の実装と評価(計算機システム)
- 5K-7 省電力MIPSプロセッサコア評価のための計算機システムのFPGAによる試作(マルチスレッドと省電力,学生セッション,アーキテクチャ)
- FPGAアレイCubeを用いたレーベンシュタイン距離計算の性能評価(応用1)
- グラフィックプロセッサを用いた自己組織化マップの実装と評価(GPU,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2009))
- グラフィックプロセッサを用いた自己組織化マップの実装と評価(GPU,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2009))
- ClearSpeed製SIMD型マルチコアプロセッサにおける並列アプリケーション実行時間予測手法の検討(ARC-3 : 性能評価およびモデリング,2007年並列/分散/協調処理に関する『旭川』サマー・ワークショップ(SWoPP旭川2007))
- ClearSpeed製コプロセッサの並列ベンチマークによる性能評価と性能向上手法の提案(プロセッサ・アーキテクチャ(2),「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- Cell Broadband Engineを用いたスレッド仮想化環境の提案 (コンピュータシステム)
- メモリ周りに制約を有するMPUにおけるプリフェッチ機能付メモリモジュールの意義(メモリシステム,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2006))
- メモリ周りに制約を有するMPUにおけるプリフェッチ機能付メモリモジュールの意義(メモリシステム, 「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2006))
- 動的リコンフィギャラブルデバイスにおける電力分析と低電力化手法の検討(コンピュータシステム)
- ClearSpeed製SIMDプロセッサの通信性能評価(ネットワークオンチップとマルチコア,2009年並列/分散/協調処理に関する『仙台』サマー・ワークショップ(SWoPP仙台2009))
- ハイパフォーマンスコアとローパワーコアの組み合わせにおける細粒度動的スリープ制御の実装と評価(組込みシステムプラットフォーム)
- Network-on-Chipにおけるエラー検出・訂正方式に関する研究(ネットワークオンチップとマルチコア,2009年並列/分散/協調処理に関する『仙台』サマー・ワークショップ(SWoPP仙台2009))
- メッセージ頭部の格納場所切替によるメッセージ交換の高速化(ARC-8 : 通信,2007年並列/分散/協調処理に関する『旭川』サマー・ワークショップ(SWoPP旭川2007))
- DIMMnet-3ネットワークインタフェースにおけるMPI支援機能(ARC-6:相互結合網,2006年並列/分散/強調処理に関する『高知』サマー・ワークショップ(SWoPP 高知2006))
- DIMMnet-2ネットワークインタフェースコントローラの設計と実装(HPCハードウェア)
- DIMMスロット装着型デバイスDIMMnet-2の改良方針(ARC-7: ネットワークインタフェースとルーティング, 2005年並列/分散/協調処理に関する『武雄』サマー・ワークショップ(SWoPP武雄2005)-研究会・連続同時開催-)
- マルチパスイーサネットにおけるOn/Offリンクアクティベーション法の評価(ネットワーク,クラウド及び一般)
- DIMMスロット搭載型ネットワークインターフェースDIMMnet-1とその低遅延通信機器AOTF
- 動的リコンフィギャラブルデバイスにおける構成情報配送のためのマルチキャスト手法の検討(コンピュータシステム)
- Dua-Vthセルの利用による動的リコンフィギャラブルプロセッサのリーク電力削減の評価(デバイスアーキテクチャ1)
- 動的リコンフィギャラブルプロセッサMuCCRA-3の実機評価(リコンフィギャラブルアーキテクチャ)
- FPGAを用いた汎用生化学シミュレータにおけるハードウェアモジュール自動生成アルゴリズムの実機評価(リコンフィギャラブル応用)
- CFD専用計算機FLOPS-2Dへ向けたUPACS制限関数群モジュール化の検討(リコンフィギャラブル応用)
- FPGAによるUPACSサブルーチンの高速化(リコンフィギャラブル応用)
- スレッドレベル並列性を活かす科学技術計算用FPGAシステムの提案(Inventive and Creative Architecture特別セッションIII)
- FPGAを用いた生化学シミュレータにおける反応速度式の類似性に着目した演算パイプライン自動結合アルゴリズム(リコンフィギャラブル応用)
- FPGA上でのシミュレーションに向けた生化学モデルコンパイラの実装(コンピュータシステム)
- FPGAを用いた生化学シミュレータにおける入力ポート制約を考慮した演算パイプラインスケジューリング(応用3)
- 高速アルゴリズムを適用したデータ駆動型確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装と評価(応用事例,デザインガイア2007-VLSI設計の新しい大地を考える研究会)
- 生化学シミュレータReCSiPにおける反応速度式共有化(アプリケーション,リコンフィギャラブルシステム,一般)
- FPGAを用いた確率モデル生化学シミュレータ(リコンフィギャラブルシステム)
- FPGAを用いた確率モデル生化学シミュレータ
- FPGAを用いた汎用生化学シミュレータReCSiP(応用技術,リコンフィギャラブルシステム論文)
- ReCSiPボードにおける汎用ホストインターフェイスの実装と評価(リコンフィギャラブルシステム,一般)
- 「Cellスピードチャレンジ2008」実施報告(ARC-6:通信およびコンテスト報告,2008年並列/分散/協調処理に関する『佐賀』サマー・ワークショップ(SWoPP佐賀2008))
- マルチコアプログラミングコンテスト「Cellスピードチャレンジ2007」実施報告(ARC-11 : シミュレータおよびコンテスト報告,2007年並列/分散/協調処理に関する『旭川』サマー・ワークショップ(SWoPP旭川2007))
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法(FPGAとその応用及び一般)
- データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討(FPGAとその応用及び一般)
- Cell Broadband Engineを用いたスレッド仮想化環境の提案(ディペンダブルアーキテクシャ及び仮想化,ディペンダブルコンピューティングシステム及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータ向けSBML処理系の構築(リコンフィギャラブル応用I)
- ClearSpeed製コプロセッサの並列ベンチマークによる性能評価と性能向上手法の提案(プロセッサ・アーキテクチャ(2),「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- OpenCL互換アクセラレータのマルチノード環境における開発負担軽減のためのミドルウェアの実装
- OpenCL互換アクセラレータのマルチノード環境における開発負担軽減のためのミドルウェアの実装
- ストリームアプリケーション向け大規模FPGAアレイCUBEの性能評価
- 単フリット・単サイクルルータを用いたNoC向け非最短完全適応型ルーティング
- Cell Broadband Engine向けオフロード機構の提案
- InfiniBandとEthernetの混在環境でのクラスタノード間通信に関する提案
- Cell Broadband Engineを用いたスレッド仮想化環境の提案(ディペンダブルアーキテクチャ及び仮想化,ディペンダブルコンピューティングシステム及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察(FPGAとその応用及び一般)
- データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討(FPGAとその応用及び一般)
- 1-flitパケット構造を利用した非最短型完全適応ルーティング(バス・配線アーキテクチャ,FPGA応用及び一般)
- 1-flitパケット構造を利用した非最短型完全適応ルーティング(バス・配線アーキテクチャー,FPGA応用及び一般)
- 1-flitパケット構造を利用した非最短型完全適応ルーティング(バス・配線アーキテクチャ,FPGA応用及び一般)
- Cellクラスタにおけるスレッド仮想化環境に用いるキャッシュ機構の実装
- FPGAを用いた高スループット確率モデル生化学シミュレータの設計と評価
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法(FPGAとその応用及び一般)
- データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAにおける演算パイプライン共有化のためのデータパス分類手法の提案(高信頼化技術・設計技術)
- データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法
- Cell クラスタにおけるスレッド仮想化環境に用いるキャッシュ機構の実装
- Cell Broadband Engine 向けオフロード機構の提案
- Cell Broadband Engineを用いたphoton mappingの実装と評価(2010年並列/分散/協調処理に関する『金沢』サマー・ワークショップSWoPP2010)
- 「Cellチャレンジ2009」実施報告
- RC-012 FPGAに基づく生化学シミュレータにおける反応速度式の類似性に着目したパイプライン自動構築(ハードウェア・アーキテクチャ,査読付き論文)
- 「Cell チャレンジ2009」実施報告
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPのシミュレーション制御機構(リコンフィギャラブル応用I)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiP向けの数値積分機構の実装と評価(リコンフィギャラブル応用I, リコンフィギャラブルシステム, 一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータ用のSBML処理系の構築(シミュレーション技術, SHINING 2005「アーキテクチャとコンパイラの協調および一般」)
- InfiniBand と Ethernet の混在環境でのクラスタノード間通信に関する提案
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法
- データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法
- データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討
- FPGAを用いた生化学シミュレータにおける反応速度関数スケジューリングに関する検討(リコンフィギャラブル応用I, リコンフィギャラブルシステム, 一般)
- ヒープ木を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装(リコンフィギャラブル応用I, リコンフィギャラブルシステム, 一般)
- SBML対応細胞シミュレータ環境の構築(応用1, FRGAとその応用及び一般)
- SBML対応細胞シミュレータ環境の構築(応用1, FRGAとその応用及び一般)
- SBML対応細胞シミュレータ環境の構築(応用1, FRGAとその応用及び一般)
- FPGAにおける演算パイプライン共有化のためのデータパス分類手法の提案
- 1-flit パケット構造を利用した非最短型完全適応ルーティング
- 1-flit パケット構造を利用した非最短型完全適応ルーティング
- アクセラレータを搭載した PC クラスタのための仮想環境の実装と評価
- Cell Broadband Engine を用いたスレッド仮想化環境の提案
- Cell Broadband Engineクラスタにおける開発負担軽減のためのミドルウェアの実装と評価(コンピュータシステム,FPGA応用及び一般)
- Cell Broadband Engineクラスタにおける開発負担軽減のためのミドルウェアの実装と評価(コンピュータシステム,FPGA応用及び一般)
- Cell Broadband Engineクラスタにおける開発負担軽減のためのミドルウェアの実装と評価(コンピュータシステム,FPGA応用及び一般)
- ネットワーク混合型Cell/B.E.のHigh Performance Linpackにおける評価(並列処理技術,組込み技術とネットワークに関するワークショップETNET2011)
- ネットワーク混合型Cell/B.E.のHigh Performance Linpackにおける評価(並列処理技術,組込み技術とネットワークに関するワークショップETNET2011)