ヒープ木を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装(リコンフィギャラブル応用I, リコンフィギャラブルシステム, 一般)
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概要
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細胞代謝に代表される化学反応が複雑に発生するシステムを計算機上でシミュレーションする試みがなされているが, 計算時間に関する問題は深刻である.確率モデルによる化学反応のシミュレーションは, 処理自体は単純な演算であるものの, 演算を膨大な回数繰り返す必要があるため, 大規模な化学反応システムに対し, 高速にシミュレーションが実行できる手法の実現が期待されている.本報告では, ヒープ木を用いて効率的に化学反応の確率モデルシミュレーションを行うアルゴリズムであるNext Reaction MethodをFPGA上に実装し, 評価を行った.その結果, Dual Xeon 2.4GHzを用いたソフトウェア実行と比較して, 約17.1倍の高速化を実現した.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2005-05-05
著者
-
吉見 真聡
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
天野 英晴
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
柴田 裕一郎
長崎大学工学部
-
天野 英晴
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
長名 保範
慶應義塾大学理工学部
-
岩岡 洋
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
舟橋 啓
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
広井 賀子
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
岩永 直樹
長崎大学工学部情報システム工学科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興事業団erato北野共生システムプロジェクト : Robocup-rescue技術委員会
-
福島 知紀
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
広井 賀子
慶應義塾大学 理工学部
-
福島 知紀
慶應義塾大学大学院理工学研究科:(株)東芝
-
長名 保範
慶應義塾大学大学院理工学研究科
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