FPGA上でのシミュレーションに向けた生化学モデルコンパイラの実装(コンピュータシステム)
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概要
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生命科学の研究において生化学モデルの計算機シミュレーションが盛んになり,ばく大な演算量に対応可能な計算システムが生命科学,計算機科学の両分野から求められている.生化学シミュレーションを高速かつ低コストに実現するためにFPGAを利用した方法が提案され,研究が進められてきた.この手法によって理論的には最大で32GHzのIntel Xeonプロセッサの50〜80倍程度の性能が出ることが確かめられている.しかし,これまでの研究は主としてFPGA内部での高速演算手法の開発に焦点が当てられており,ユーザが簡単に利用できるような構成ではなかった.本論文ではユーザの利便性を考慮した環境を提供するために,シミュレーション対象となるモデルから,シミュレーション回路に対する効率的な入力データを生成するコンパイラを実装し,計算システム全体での評価を行った.その結果,先行研究と同様の環境でのソフトウェアによる実行と比較して,実効性能で10〜20倍程度のスループット向上を確認した.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2008-09-01
著者
-
西川 由理
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
天野 英晴
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
柴田 裕一郎
長崎大学工学部
-
吉見 真聡
同志社大学理工学部
-
天野 英晴
慶應義塾大学
-
舟橋 啓
慶應義塾大学
-
広井 賀子
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
長名 保範
慶應義塾大学理工学部
-
岩岡 洋
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
小嶋 利紀
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
舟橋 啓
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
広井 賀子
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
岩永 直樹
長崎大学工学部情報システム工学科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興事業団erato北野共生システムプロジェクト : Robocup-rescue技術委員会
-
西川 由理
慶応義塾大学理工学部
-
天野 英晴
慶應義塾大学理工学部
-
長名 保範
成蹊大学理工学部情報科学科
-
広井 賀子
慶應義塾大学 理工学部
-
舟橋 啓
慶應義塾大学 理工学部
-
小嶋 利紀
慶應義塾大学理工学部
-
長名 保範
慶應義塾大学大学院理工学研究科
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