FPGAを用いた生化学シミュレータ用のSBML処理系の構築(シミュレーション技術, SHINING 2005「アーキテクチャとコンパイラの協調および一般」)
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概要
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生物学実験の分野における定量的でスループットの高い実験手法が多く確立され、実験から得られるデータを元にした数値シミュレーションがさまざまに行われるようになってきている。生体内の反応機構のモデル化・シミュレーションと実験を繰り返すことで、対象の系に関するより詳細な理解が得られると期待されているが、生化学シミュレーションには膨大な計算時間が必要となる。これを解決するために、現在はPCクラスタを用いるのが一般的であるが、PCクラスタは価格やサイズ、消費電力などの面から研究者個人単位での計算資源としては適切でない。本研究グループではこれを解決するために、FPGAを用いた生化学シミュレーションアクセラレータReCSiPを構築中であり、本研究報告では、これを用いて一般的な生化学反応系の記述言語であるSBMLによって記述された系のシミュレーションを行うための方式を提案する。
- 2005-01-21
著者
-
吉見 真聡
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
柴田 裕一郎
長崎大学工学部
-
天野 英晴
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
長名 保範
慶應義塾大学理工学部
-
岩岡 洋
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
舟橋 啓
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
広井 賀子
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
岩永 直樹
長崎大学工学部情報システム工学科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興事業団erato北野共生システムプロジェクト : Robocup-rescue技術委員会
-
福島 知紀
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
長名 保範
慶應義塾大学大学院理工学研究科
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