FPGAを用いた汎用生化学シミュレータReCSiP(応用技術,<特集>リコンフィギャラブルシステム論文)
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概要
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細胞内部の生化学反応を数理モデルとして記述し,シミュレーションを行うことで生命現象をシステムとして理解しようとする試みが盛んになっている.しかしながら,汎用のマイクロプロセッサで得られる処理能力は決して十分とはいえず,シミュレーションを高速に実行できる計算基盤が求められている.本論文では,FPGAを用いて常微分方程式を用いた生化学モデルのシミュレーションを高速に実行するシステムであるReCSiPの構成とハードウェアの実装について述べる.評価の結果,最大スループットはXilinx社のFPGAであるXC2VP70-5を用いて,Intel Pentium4 3.2GHzの50〜80倍のスループットを達成することができた.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2006-06-01
著者
-
西川 由理
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
柴田 裕一郎
長崎大学工学部
-
吉見 真聡
同志社大学理工学部
-
舟橋 啓
慶應義塾大学
-
広井 賀子
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
長名 保範
慶應義塾大学理工学部
-
岩岡 洋
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
小嶋 利紀
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
舟橋 啓
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
広井 賀子
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
岩永 直樹
長崎大学工学部情報システム工学科
-
天野 美晴
慶應義塾大学理工学都情報工学科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興事業団erato北野共生システムプロジェクト : Robocup-rescue技術委員会
-
西川 由理
慶応義塾大学理工学部
-
長名 保範
成蹊大学理工学部情報科学科
-
広井 賀子
慶應義塾大学 理工学部
-
舟橋 啓
慶應義塾大学 理工学部
-
小嶋 利紀
慶應義塾大学理工学部
-
長名 保範
慶應義塾大学大学院理工学研究科
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