生化学シミュレータReCSiPにおける反応速度式共有化(アプリケーション,リコンフィギャラブルシステム,一般)
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概要
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FPGAをベースとした生化学シミュレータで大きな系のシミュレーションを行う際には、ハードウェア量の削減を行うことが重要となる。本稿では、シミュレーションモデル中に現われる反応速度式の共通項に着目し、数値積分時に反応速度式を計算するハードウェアモジュールを自動的に共有化して生成する手法を提案する。この手法では、まず2つの反応速度式を木構造のレベルで共有化し、その後パイプラインスケジューリングと演算リソースのバインディングを行う。評価の結果、共有化により平均14.4%のスループットの悪化が認められたものの、平均31.36%のハードウェア削減率を得ることができた。
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2007-05-10
著者
-
西川 由理
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
天野 英晴
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
柴田 裕一郎
長崎大学工学部
-
小栗 清
長崎大学工学部
-
吉見 真聡
同志社大学理工学部
-
山田 英樹
帝京大学外科
-
天野 英晴
慶應義塾大学
-
山田 英樹
長崎大学
-
舟橋 啓
慶應義塾大学
-
広井 賀子
慶應義塾大学
-
広井 賀子
EMBL-EBI, Wellcome Trust Genome Campus
-
山田 英樹
長崎大学工学部情報システム工学科
-
北野 宏明
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
長名 保範
慶應義塾大学理工学部
-
岩岡 洋
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
小嶋 利紀
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
岩永 直樹
長崎大学工学部情報システム工学科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学
-
山田 英樹
Ntt情報流通プラットフォーム研究所
-
北野 宏明
科学技術振興事業団erato北野共生システムプロジェクト : Robocup-rescue技術委員会
-
西川 由理
慶応義塾大学理工学部
-
長名 保範
成蹊大学理工学部情報科学科
-
広井 賀子
慶應義塾大学 理工学部
-
舟橋 啓
慶應義塾大学 理工学部
-
小嶋 利紀
慶應義塾大学理工学部
-
長名 保範
慶應義塾大学大学院理工学研究科
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