SBML対応細胞シミュレータ環境の構築(応用1, FRGAとその応用及び一般)
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
近年, 細胞内の化学反応機構のシミュレーションに関する研究が盛んである.しかし, 大規模なモデルを扱う場合, 膨大な計算時間を要するため, FPGAを用いてシミュレーションを高速化する研究が行われている.これまでに開発された多くのシミュレータは, SBMLと呼ばれるモデル記述言語が標準的に利用しており, 互換性を保つことが重要である.本研究報告では, SBMLで記述されたモデルをFPGA上での効率的な処理を行うシミュレーション環境のための一部ソフトウェアを実装し, 評価を取った.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2005-01-18
著者
-
吉見 真聡
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
天野 英晴
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
柴田 裕一郎
長崎大学工学部
-
天野 英晴
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
長名 保範
慶應義塾大学理工学部
-
岩岡 洋
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
舟橋 啓
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
広井 賀子
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
岩永 直樹
長崎大学工学部情報システム工学科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学
-
北野 宏明
科学技術振興事業団erato北野共生システムプロジェクト : Robocup-rescue技術委員会
-
福島 知紀
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
福島 知紀
慶應義塾大学大学院理工学研究科:(株)東芝
-
長名 保範
慶應義塾大学大学院理工学研究科
関連論文
- MIPS R3000プロセッサにおける細粒度動的スリープ制御の実装と評価(計算機システム)
- 5K-7 省電力MIPSプロセッサコア評価のための計算機システムのFPGAによる試作(マルチスレッドと省電力,学生セッション,アーキテクチャ)
- FPGAアレイCubeを用いたレーベンシュタイン距離計算の性能評価(応用1)
- グラフィックプロセッサを用いた自己組織化マップの実装と評価(GPU,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2009))
- グラフィックプロセッサを用いた自己組織化マップの実装と評価(GPU,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2009))
- ClearSpeed製SIMD型マルチコアプロセッサにおける並列アプリケーション実行時間予測手法の検討(ARC-3 : 性能評価およびモデリング,2007年並列/分散/協調処理に関する『旭川』サマー・ワークショップ(SWoPP旭川2007))
- ClearSpeed製コプロセッサの並列ベンチマークによる性能評価と性能向上手法の提案(プロセッサ・アーキテクチャ(2),「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- Cell Broadband Engineを用いたスレッド仮想化環境の提案 (コンピュータシステム)
- メモリ周りに制約を有するMPUにおけるプリフェッチ機能付メモリモジュールの意義(メモリシステム,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2006))
- メモリ周りに制約を有するMPUにおけるプリフェッチ機能付メモリモジュールの意義(メモリシステム, 「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2006))
- 動的リコンフィギャラブルデバイスにおける電力分析と低電力化手法の検討(コンピュータシステム)
- ClearSpeed製SIMDプロセッサの通信性能評価(ネットワークオンチップとマルチコア,2009年並列/分散/協調処理に関する『仙台』サマー・ワークショップ(SWoPP仙台2009))
- ハイパフォーマンスコアとローパワーコアの組み合わせにおける細粒度動的スリープ制御の実装と評価(組込みシステムプラットフォーム)
- Network-on-Chipにおけるエラー検出・訂正方式に関する研究(ネットワークオンチップとマルチコア,2009年並列/分散/協調処理に関する『仙台』サマー・ワークショップ(SWoPP仙台2009))
- メッセージ頭部の格納場所切替によるメッセージ交換の高速化(ARC-8 : 通信,2007年並列/分散/協調処理に関する『旭川』サマー・ワークショップ(SWoPP旭川2007))
- DIMMnet-3ネットワークインタフェースにおけるMPI支援機能(ARC-6:相互結合網,2006年並列/分散/強調処理に関する『高知』サマー・ワークショップ(SWoPP 高知2006))
- DIMMnet-2ネットワークインタフェースコントローラの設計と実装(HPCハードウェア)
- DIMMスロット装着型デバイスDIMMnet-2の改良方針(ARC-7: ネットワークインタフェースとルーティング, 2005年並列/分散/協調処理に関する『武雄』サマー・ワークショップ(SWoPP武雄2005)-研究会・連続同時開催-)
- マルチパスイーサネットにおけるOn/Offリンクアクティベーション法の評価(ネットワーク,クラウド及び一般)
- DIMMスロット搭載型ネットワークインターフェースDIMMnet-1とその低遅延通信機器AOTF
- 動的リコンフィギャラブルデバイスにおける構成情報配送のためのマルチキャスト手法の検討(コンピュータシステム)
- Dua-Vthセルの利用による動的リコンフィギャラブルプロセッサのリーク電力削減の評価(デバイスアーキテクチャ1)
- 動的リコンフィギャラブルプロセッサMuCCRA-3の実機評価(リコンフィギャラブルアーキテクチャ)
- FPGAを用いた汎用生化学シミュレータにおけるハードウェアモジュール自動生成アルゴリズムの実機評価(リコンフィギャラブル応用)
- CFD専用計算機FLOPS-2Dへ向けたUPACS制限関数群モジュール化の検討(リコンフィギャラブル応用)
- FPGAによるUPACSサブルーチンの高速化(リコンフィギャラブル応用)
- 低遅延オンチップネットワークのための予測ルータの評価(組込みシステムプラットフォーム)
- 並列計算機ASCAの要素プロセッサによる近細粒度並列処理
- C言語実装を用いたインタプリタ方式の命令エミュレーション性能の向上(コンピュータシステム)
- 低エネルギーを目的とした大規模リコンフィギャラブルプロセッサアレイSMAの予備評価(リコンフィギャラブルアーキテクチャ,デザインガイア2008-VLSI設計の新しい大地)
- Rearrangeable NoC:配線遅延を考慮した分散ルータアーキテクチャ(Inventive and Creative Architecture特別セッションIII)
- 省電力MIPSプロセッサにおけるOSの試作とシミュレーションによる電力評価(セッション7:資源管理)
- 性能予測モデルの学習と実行時性能最適化機構を有する省電力化スケジューラ(省電力方式)
- MIPS R3000プロセッサにおける細粒度動的スリープ制御の実装と評価(低消費電力)
- スーパースカラプロセッサにおける細粒度動的スリープ制御の実装と評価(集積回路とアーキテクチャの協創 : どう繋ぐ?どう使う?マルチコア)
- MIPS R3000における細粒度動的スリープ方式の提案(集積回路とアーキテクチャの協創-プロセッサ,メモリ,システムLSI及び一般-)
- MIPS R3000における細粒度動的スリープ方式の提案(低消費電力化技術(1),集積回路とアーキテクチャの協創-プロセッサ,メモリ,システムLSI及び一般-)
- Splitエコー命令によるコードサイズ削減(プロセッサ)
- DIMMnet通信インタフェース用パケット伝送レイヤ
- bDais : DIMMnet-1/InfiniBand間ルータの評価(ARC-9 : 相互結合網II)(2004年並列/分散/協調処理に関する『青森』サマー・ワークショップ(SWoPP青森2004) : 研究会・連続同時開催)
- LAN領域での高性能並列処理に適したネットワークスイッチ用ASIC(システムLSIのための先進アーキテクチャ論文)
- 高性能計算をサポートするネットワークインタフェース用コントローラチップMartini
- RHiNETネットワークインタフェースの性能評価
- PLIを用いたネットワークインタフェースコントローラとホストプログラムの協調シミュレーション
- RHiNETスイッチ : RHiNET-2, 3/SW
- RHiNET/MEMOnetネットワークインタフェース用コントローラチップMartiniの予備評価
- RHINETの概要とMartiniの設計/実装
- RHiNETネットワークインタフェースプロトタイプの性能評価
- 高速性と柔軟性を併せ持つネットワークインタフェース用チップ:Martini
- LASN用10Gbps/port 8x8ネットワークスイッチ:RHiNET-3/SW
- 光インタコネクトを使った高速転送におけるフロー制御手法
- 150回研究会記念特別企画(2)パネル討論 : アーキテクチャ研究の将来
- スレッドレベル並列性を活かす科学技術計算用FPGAシステムの提案(Inventive and Creative Architecture特別セッションIII)
- FPGAを用いた生化学シミュレータにおける反応速度式の類似性に着目した演算パイプライン自動結合アルゴリズム(リコンフィギャラブル応用)
- FPGA上でのシミュレーションに向けた生化学モデルコンパイラの実装(コンピュータシステム)
- FPGAを用いた生化学シミュレータにおける入力ポート制約を考慮した演算パイプラインスケジューリング(応用3)
- 高速アルゴリズムを適用したデータ駆動型確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装と評価(応用事例,デザインガイア2007-VLSI設計の新しい大地を考える研究会)
- 生化学シミュレータReCSiPにおける反応速度式共有化(アプリケーション,リコンフィギャラブルシステム,一般)
- FPGAを用いた確率モデル生化学シミュレータ(リコンフィギャラブルシステム)
- FPGAを用いた確率モデル生化学シミュレータ
- FPGAを用いた汎用生化学シミュレータReCSiP(応用技術,リコンフィギャラブルシステム論文)
- ReCSiPボードにおける汎用ホストインターフェイスの実装と評価(リコンフィギャラブルシステム,一般)
- 「Cellスピードチャレンジ2008」実施報告(ARC-6:通信およびコンテスト報告,2008年並列/分散/協調処理に関する『佐賀』サマー・ワークショップ(SWoPP佐賀2008))
- マルチコアプログラミングコンテスト「Cellスピードチャレンジ2007」実施報告(ARC-11 : シミュレータおよびコンテスト報告,2007年並列/分散/協調処理に関する『旭川』サマー・ワークショップ(SWoPP旭川2007))
- 仮想ハードウェアWASMIIシステム用コンパイラの実装と評価
- 仮想ハードウェアWASMIIのためのデータフローコンパイラの研究
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法(FPGAとその応用及び一般)
- データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータ向けSBML処理系の構築(リコンフィギャラブル応用I)
- ClearSpeed製コプロセッサの並列ベンチマークによる性能評価と性能向上手法の提案(プロセッサ・アーキテクチャ(2),「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察(FPGAとその応用及び一般)
- データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAを用いた高スループット確率モデル生化学シミュレータの設計と評価
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法(FPGAとその応用及び一般)
- データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法(FPGAとその応用及び一般)
- データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法
- 「Cellチャレンジ2009」実施報告
- 「Cell チャレンジ2009」実施報告
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPのシミュレーション制御機構(リコンフィギャラブル応用I)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiP向けの数値積分機構の実装と評価(リコンフィギャラブル応用I, リコンフィギャラブルシステム, 一般)
- FPGAを用いた生化学シミュレータ用のSBML処理系の構築(シミュレーション技術, SHINING 2005「アーキテクチャとコンパイラの協調および一般」)
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法
- データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察
- FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法
- データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討
- FPGAを用いた生化学シミュレータにおける反応速度関数スケジューリングに関する検討(リコンフィギャラブル応用I, リコンフィギャラブルシステム, 一般)
- ヒープ木を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装(リコンフィギャラブル応用I, リコンフィギャラブルシステム, 一般)
- SBML対応細胞シミュレータ環境の構築(応用1, FRGAとその応用及び一般)
- SBML対応細胞シミュレータ環境の構築(応用1, FRGAとその応用及び一般)
- SBML対応細胞シミュレータ環境の構築(応用1, FRGAとその応用及び一般)