高速アルゴリズムを適用したデータ駆動型確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装と評価(応用事例,デザインガイア2007-VLSI設計の新しい大地を考える研究会)
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概要
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本研究報告では,確率モデル生化学シミュレーションアルゴリズムNext Reaction MethodをFPGAを用いて高速化するための回路構造を提案し,その評価を行った.提案する回路は,アルゴリズムが複数のモジュールとして区分化され,その間がネットワーク網で接続される構造を持つ.また,複数のシミュレーションスレッドが演算回路へ使用要求を出す方法により,データ駆動型の並列処理が行われる.3種類の接続網を実装し,それぞれの面積,動作周波数を測定した結果,Xeon 3.20GHzでの実行に比べ最大約3.6倍のスループットが得られた.大きな高速化は得られなかったものの,各回路の問題点について検討し,性能向上の見込みについて議論した.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2007-11-15
著者
-
西川 由理
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
天野 英晴
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
柴田 裕一郎
長崎大学工学部
-
吉見 真聡
同志社大学理工学部
-
山田 英樹
帝京大学外科
-
天野 英晴
慶應義塾大学
-
山田 英樹
長崎大学
-
舟橋 啓
慶應義塾大学
-
広井 賀子
慶應義塾大学
-
広井 賀子
EMBL-EBI, Wellcome Trust Genome Campus
-
山田 英樹
長崎大学工学部情報システム工学科
-
北野 宏明
科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト
-
長名 保範
慶應義塾大学理工学部
-
小嶋 利紀
慶應義塾大学大学院理工学研究科
-
吉見 真聡
慶應義塾大学
-
山田 英樹
Ntt情報流通プラットフォーム研究所
-
北野 宏明
科学技術振興事業団erato北野共生システムプロジェクト : Robocup-rescue技術委員会
-
西川 由理
慶応義塾大学理工学部
-
天野 英晴
慶應義塾大学理工学部
-
長名 保範
成蹊大学理工学部情報科学科
-
広井 賀子
慶應義塾大学 理工学部
-
舟橋 啓
慶應義塾大学 理工学部
-
小嶋 利紀
慶應義塾大学理工学部
-
長名 保範
慶應義塾大学大学院理工学研究科
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