PCR実験におけるプライマー数の最小化の計算量的性質と解法
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概要
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ポリメラーゼ連鎖反応 (PCR) 実験において、よいプライマーを選択することは生物学において大変重要である。今までに作られてきたプライマー選択に対するプログラムは1つのDNA配列に対して1組のプライマーを選択するものであった。我々は、プライマーが複数の箇所につくことを許すことにより全てのDNA配列を増幅するような少ないプライマーの集合を選択することを考える。このプライマー選択問題を定式化して、その問題の計算量的性質を解析し、単純な定式化に対する貧欲アルゴリズムを実装して、酵母の配列に対して適用する。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1997-11-28
著者
-
今井 浩
東京大学大学院情報理工学系研究科コンピュータ科学専攻
-
土井 晃一郎
東京大学生物情報科学学部教育特別プログラム
-
土井 晃一郎
東京大学大学院新領域創成科学研究科複雑理工学専攻
-
今井 浩
東京大学大学院情報理工学系研究科
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