線形ダイナミカルシステムモデルの変分ベイズ推定による遺伝子発現時系列のシステム同定

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概要

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遺伝子発現ダイナミクスの解析のために,状態空間モデルに基く解析法が提案されている.従来の解析法では,状態変数のダイナミクスを仮定せず,また,システムノイズと観測ノイズを無視したモデルを仮定していたため、状態空間に含まれるダイナミクスを持たないノイズ成分を、状態変数として誤検出する可能性がある.本研究では、ノイズプロセスに白色ガウシアンを仮定した線形ダイナミカルシステムモデルを考え,変分ベイズ法による推定とモデル選択を行う.本手法を出芽酵母細胞周期に関する公開データセットに適用したところ,従来手法で選択されたモデルと比較し,よりシンプルで尤もらしいモデルが選択された.また,この結果得られたモデルパラメータは,生物学的な考察と良く一致した.人工データヘの適用も行い,ノイズを含む時系列データに対する有効性が示された.
一般社団法人情報処理学会の論文
2004-09-13

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