アレイ比較ゲノムデータ正規化手法Combfitについて(セッション1:『機械学習によるバイオデータマインニング』)
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概要
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マイクロアレイ技術に基づく染色体比較の方法としてアレイCGH法と呼ばれる手法が近年開発され、がんなどの細胞疾患の原因もしくは結果と目される染色体数変動を調べるのに使われている。通常のアレイCGHデータ解析では、DNA断片毎の複製数変動を「変動なし/増幅あり/減少あり」の3カテゴリーに分類しているが、近年の計測精度の改善によって、複製数変動に関するさらに定量的な解析が可能となってきた。そこで、我々はアレイCGHデータの定量的解釈のための正規化手法としてcombfit法を提案する。また、DNA断片複製数に関して局所的な多様性を含む場合についてcombfit法を適用する改善案も提案する。combfit法によれば、アレイCGH法によって計測された蛍光比データのベース値を補正しつつ、染色体断片毎の複製数を0,±1,±2,…のように定量的に推定することができるようになる。またcombfit法は、正常細胞の混入が多い場合や倍数性に関する多様性がある場合も考慮しており適用可能である。
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2007-06-14
著者
-
大羽 成征
奈良先端科学技術大学院大学
-
石井 信
奈良先端科学技術大学院大学
-
富岡 伸元
北海道大学消化器外科・一般外科
-
石井 信
京都大学
-
大平 美紀
がんゲノム研究室
-
大平 美紀
千葉県がんセンター生化学研究部
-
石井 信
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
-
大羽 成征
京都大学情報学研究科:科学技術振興機構
-
大羽 成征
奈良先端科学技術大
-
大平 美紀
千葉県がんセンター
-
富岡 伸元
北海道大学医学部第1外科
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