進化木のQuarted distanceの計算アルゴリズムの実装
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概要
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生物進化学においては種と種の関係を表す進化木が中心的な道具となっており、異なった進化木同士の違いを定量化することはとても重要な仕事である。quartet distanceとは、Estabrook, McMorris. Meachamらによって提案された二つの木の間の距離尺度である。生物種のうち4種を選択することによって得られる部分木の組み合わせ構造をquartet topologyというが、二つの根を持たない進化木の間で異なったquartet topologyを取る4種の組み合わせの数をquartet distanceと言う。本研究ではBrodal他が2001年に発表したquartet distanceをO(nlog^2n)の時間で計算するプログラムを実装し、実験結果を示す。
- 2003-05-23
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