分子軌道計算専用計算機のためのフォック行列並列計算アルゴリズムの開発
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
分子軌道計算専用計算機を効果的に稼働させるための並列フォック行列生成アルゴリズムを開発し、プラットフォームシステム上に実装した。階層構造を持つプラットフォームシステム上ではホストPCとボード上の専用LSI間の通信には非常に大きなコストが必要となるが、多段の動的負荷分散を実装することで通信を局在化しつつ効果的な負荷の分散を実現した。SH4 CPUを63個使ったプラットフォーム評価システム上でのベンチマーク計算では99%を超える非常に高い並列性能を得ることができた。
- 日本コンピュータ化学会の論文
- 2005-12-15
著者
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所計算科学研究部門
-
稲富 雄一
九州大学
-
本田 宏明
九州大学
-
稲富 雄一
九州大学情報基盤研究開発センター
-
梅田 宏明
科学技術振興機構(JST)戦略的創造研究推進事業(CREST)
-
長嶋 雲兵
科学技術振興機構(JST)戦略的創造研究推進事業(CREST)
-
稲富 雄一
(財)九州先端科学技術研究所システムlsi研究室グループ次世代スーパーコンピュータ開発支援室
-
稲富 雄一
科学技術振興機構戦略的創造研究推進事業
-
本田 宏明
九州先端科学技術研究所
-
長島 雲兵
先端情報研究センター
-
本田 宏明
九州大学 情報基盤センター
-
梅田 宏明
産業技術総合研究所計算化学研究部門
-
長嶋 雲兵
科学技術振興事業団 計算科学技術活用型特定研究開発推進事業
関連論文
- 科学技術計算を対象とした大規模再構成可能データパスの性能評価(コンピュータシステム技術,先端的コンピュータシステム技術及び一般)
- 波長760–1000 nmで検出される大気エアロゾルの分布
- 浮遊粒子状物質の可視化:画像的アプローチ
- 北緯32度, 東経120-130度上空のSPM濃度
- リアルタイム三次元可視化分子動力学シミュレータMolecula Numericaの開発
- Basis Quantum Monte Carlo 法による1次元及び3次元調和振動子内の2フェルミ粒子の計算
- 片側通信を用いた並列フラグメント分子軌道計算プログラムの実装(HPC-5 : アプリケーションI)
- 大規模再構成可能データパスにおけるオンチップ・ネットワーク・アーキテクチャの検討(集積回路とアーキテクチャの協創-プロセッサ,メモリ,システムLSI及び一般-)
- 大規模再構成可能データパスにおけるオンチップ・ネットワーク・アーキテクチャの検討(オンチップ・ネットワーク,集積回路とアーキテクチャの協創-プロセッサ,メモリ,システムLSI及び一般-)
- 生体分子の分子動力学シミュレーション(2)応用
- 大規模システム評価環境PSI-SIM : 数千個のマルチコア・プロセッサを搭載したペタスケールコンピュータの性能予測(マルチコア設計開発/性能評価,集積回路とアーキテクチャの協創〜どう繋ぐ?どう使う?マルチコア〜)
- 大規模システム評価環境PSI-SIM : 数千個のマルチコア・プロセッサを搭載したペタスケールコンピュータの性能予測(集積回路とアーキテクチャの協創 : どう繋ぐ?どう使う?マルチコア)
- 大規模分子の分子軌道計算 : Lysozyme とモデルDNA分子の分子軌道
- 大規模固有値問題のmaster-worker型並列解法(数値計算)
- FMO-MO法による大規模分子軌道計算(数値シミュレーション)
- 量子化学計算における計算資源予測機能の改良(グリッド)
- 量子化学計算における計算資源予測機能の改良
- 量子化学計算における計算資源予測機能の設計と実装(数値シミュレーション)
- 化学物質の毒性情報と構造活性相関予測
- ニューラルネットワークによる多種類の有機化合物の発ガン性の予測
- アロエサポナリンIの紫外線防御と一重項酸素消去機能(研究論文紹介)
- 分子軌道計算におけるヘテロクラスタ上での性能評価 : ネットワークおよびタスク分散方式の改良(HPC-8:アプリケーション,2008年並列/分散/協調処理に関する『佐賀』サマー・ワークショップ(SWoPP佐賀2008))
- 分子軌道計算におけるヘテロクラスタ上での効果的な負荷分散方式(HPC-5 : アプリケーションI)
- STMシミュレータの開発(シミュレーション・エミュレーション,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- コンパクトクラスタを利用した分子軌道計算の性能評価(性能評価,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- STMシミュレータの開発(シミュレーション・エミュレーション,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- コンパクトクラスタを利用した分子軌道計算の性能評価(性能評価,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- STMシミュレータの並列化(科学技術計算,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2006))
- STMシミュレータの並列化(科学技術計算, 「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2006))
- Partially Direct SCF 法の開発と性能評価
- Car-Parrinello 法のためのリコンフィギャラブル三次元FFT専用プロセッサ
- 科学技術計算専用ロジック組込み型プラットフォーム・アーキテクチャ技術をもちいた化学計算専用計算機の開発 : 概要と成果
- フラグメント分子軌道法プログラムABINIT-MPにおける2電子積分ルーチンの高速化ならびに並列化と性能評価
- NSIM:将来の大規模相互結合網を対象とした通信シミュレータの開発
- FMO-MO 法による大規模分子軌道計算(計算科学の基盤技術とその発展)
- FMO-MO法における大規模分子軌道計算 : 解くべき固有値問題の特徴(行列・固有値問題における線形計算アルゴリズムとその応用)
- 大規模再構成可能データパスにおける実行前処理削減方式の検討
- 大規模再構成可能データパスにおける実行前処理削減方式の検討
- 大規模再構成可能データパスプロセッサの設計手法(アクセラレーション/メモリシステム,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2009))
- 大規模再構成可能データパスプロセッサの設計手法(アクセラレーション/メモリシステム,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2009))
- PSI-NSIM : 大規模並列システムの性能解析に向けた並列相互結合網シミュレータ(コンピュータシステム技術,先端的コンピュータシステム技術及び一般)
- 次世代スーパーコンピュータの設計開発に向けたシステム性能評価環境PSI-SIM(HPC-16 : 性能評価)
- 大規模並列システムの性能評価を目的としたプログラムコード抽象化技法(HPC-3 : スケジューリング)
- 空の色相とエアロゾル散乱光の関係
- 分子物性推算データベース : CPDB : 分子設計支援システム : MolWorks の開発
- Eric(二電子積分計算専用プロセッサ)LSIの開発
- 二電子積分計算専用プロセッサ・アーキテクチャの開発(高性能アーキテクチャ)
- 二電子積分計算専用プロセッサ・アーキテクチャ
- 二電子積分計算専用プロセッサ・アーキテクチャ
- Cellプロセッサへの分子軌道法プログラムの実装と評価(HPC-6 : 並列アプリケーション)
- 大規模分子軌道計算における解くべき固有値問題の特徴
- メッセージ通信ライブラリを用いたプログラムの並列化例と計算速度および計算精度の評価
- 縮約ガウス関数にもとづく分子積分の計算法
- 高次元アルゴリズム (HA : Hamiltonian Algorithm) を用いた Enkephalin の立体構造の分子動力学的研究 : HAに現れる mixing 係数の効果
- 2P080 Reaction Mechanism of Nitric Oxide Reductase Cytochrome P450nor from Fusarium oxysporum
- 9033 大規模固有値問題のグリッド環境向き並列解法(GS-D 一般セッション(行列計算))
- 分子軌道計算専用計算機用LSI(ERIC)の開発
- 分子軌道計算専用計算機のためのフォック行列並列計算アルゴリズムの開発
- Quantum Chemistry Grid/Gaussian Portal Phase2(高性能計算及び一般)
- Quantum Chemistry GRID/Gaussian Portalの構築
- Microsoft Excelを用いた分子軌道の描画の実習(2)イオン性,分極関数,貫入
- Microsoft Excelを用いた分子軌道の描画の実習
- 励起状態分子内プロトン移動における節面モデル
- ビタミンEの抗酸化反応の機構
- ワークステーションクラスタを用いたホモロジー解析
- グリッドで計算科学・計算工学の何が変わるか
- 2電子積分計算ルーチンの性能評価
- 大規模計算におけるクラスタコンピューティングの可能性 : 非経験的分子軌道計算の経験から(計算機クラスタ)
- 生体分子の分子動力学シミュレーションにおける効率的な時間刻みの範囲 : グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン3量体
- Solvent-Polarity Dependence of Antioxidant Kinetics of Vitamin E
- 欠測データ集合を扱う神経回路網法CQSAR:Compensation Quantitative Structure-Activity Relationshipsを用いた環境汚染物質濃度推定と分布図–韓国ソウル市の場合–
- 欠測データ集合を扱う神経回路網法 CQSAR : Compensation Quantitative Structure-Activity Relationships を用いた環境指標データの補完と分布図
- 欠測データ集合を扱う神経回路網法 CQSAR : Compensation Quantitative Structure-Activity Relationships の開発
- ニューラルネットワークを用いたドナウ川の水質解析−OECDレポートを用いて−
- 欠測データを含むデータの解析が可能な多階層型ニューラルネットワークシミュレーション(CQSAR)法を用いた河川の上流および中・下流を示す水質パラメータの抽出 : 東京多摩川の水質データ(1994-2002)を用いて
- 単一磁束量子回路による再構成可能な大規模データパスをもつプロセッサ(ディジタル・一般)
- 線形多変量解析を用いた徳島吉野川の水質の解析
- 離散形河川水質モデルと不完全データ問題
- 分子軌道計算向け専用プロセッサ(ERIC)の開発(回路技術(一般, 超高速・低電力・高機能を目指した新アーキテクチャ))
- SpecC言語を用いた二電子積分計算専用プロセッサ(Eric)の検証(システムオンシリコン設計技術並びにこれを活用したVLSI)
- SpecC言語を用いた二電子積分計算専用プロセッサ(Eric)の検証(システムオンシリコン設計技術並びにこれを活用したVLSI)
- 食の印象 : 食卓の風景の質問紙調査と画像のゆらぎ分析
- B3LYP法とMP2法のH_2, H_2^+, H_2^-の解離ポテンシャル : HF法との比較
- 浮遊粒子状物質の可視化 : RAWデータ処理方式
- 水の凍結が促進する酸化・還元反応 : ヨウ化物イオン酸性水溶液の凍結によるヨウ素生成
- 晴天のデジタル画像解析(2) : JPEGによるファイルサイズ減少の影響と各種携帯電話のデジタル画像の解析
- 空の色相とエアロゾル散乱光の関係
- 波長760-1000nmで検出される大気エアロゾルの分布
- 晴天のデジタル画像解析
- 欠測データ集合を扱う神経回路網法 CQSAR : Compensation Quantitative Structure-Activity Relationships を用いた環境汚染物質濃度推定と分布図 : 韓国ソウル市の場合
- 浮遊粒子状物質の可視化 : 画像的アプローチ
- リアルタイム三次元可視化分子動力学シミュレータ Molecula Numerica の開発
- 巻頭言
- Basis Quantum Monte Carlo 法による1次元及び3次元調和振動子内の2フェルミ粒子の計算
- 並列FMOプログラムOpenFMOの性能最適化
- Hの解離ポテンシャル : RHF,UHF,MP2,MP3そしてMP4SDTQ
- SIMD演算有効利用のための入力データ並列2電子フォック行列計算
- H_2の解離ポテンシャル : RHF, UHF, MP2, MP3そしてMP4SDTQ
- 何故水分子の構造は曲がっていて水酸化アルカリ金属分子は直線なのか?
- CT-1-6 ポストエクサスケールスーパーコンピュータの実現の観点から見た超伝導デジタル技術への期待(CT-1.超伝導デジタル技術の展望,チュートリアルセッション,ソサイエティ)