高次元アルゴリズム (HA : Hamiltonian Algorithm) を用いた Enkephalin の立体構造の分子動力学的研究 : HAに現れる mixing 係数の効果
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
タンパク質の折れ畳み過程や構造をシミュレーションする手法である分子動力学法をより効率よく行うために生体分子の分子動力学シミュレーションプログラム：PEACHに高次元アルゴリズム（HA: Hamiltonian Algorithm）を組み込み、従来の分子動力学法との差異を比較検討した。Leu-EnkephalinとMet-Enkephalinの二種類のタンパク質を計算対象とした。HAを用いると従来法のエネルギー分布よりも低いエネルギー値を多く取ることが観測され、探索空間が広がっている事が判った。
- 日本コンピュータ化学会の論文
- 2007-12-15
著者
-
寺前 裕之
城西大学理学部化学科
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所ナノシステム研究部門
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所グリッド研究センター
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所計算科学研究部門
-
石元 孝佳
産業技術総合研究所計算化学研究部門
-
渡邊 寿雄
産業技術総合研究所計算化学研究部門
-
渡辺 寿雄
筑波大学化学系
-
渡邊 寿雄
産業技術総合研究所計算科学研究部門
-
渡邉 寿雄
産総研・gtrc
-
土屋 恭平
城西大学 理学部化学科
-
寺前 裕之
城西大学 理学部化学科
-
寺前 裕之
城西大学理学研究科物質科学専攻
-
Watanabe Toshio
Research Institute For Computational Sciences National Institute Of Advanced Industrial Science And
-
Watanabe Toshio
Department Of Chemistry University Of Tsukuba
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所 グリッド研究センター
関連論文
- とびらの言葉
- 高次元アルゴリズムを用いた分子構造最適化のPCクラスターによる並列処理
- 水の凍結が促進する酸化・還元反応 : ― ヨウ化物イオン酸性水溶液の凍結によるヨウ素生成 ―
- Microsoft Excelを用いた分子軌道の描画の実習
- 波長760–1000 nmで検出される大気エアロゾルの分布
- 浮遊粒子状物質の可視化：画像的アプローチ
- 北緯32度, 東経120-130度上空のSPM濃度
- リアルタイム三次元可視化分子動力学シミュレータMolecula Numericaの開発
- Basis Quantum Monte Carlo 法による1次元及び3次元調和振動子内の2フェルミ粒子の計算
- 生体分子の分子動力学シミュレーション(2)応用
- FMO-MO法による大規模分子軌道計算(数値シミュレーション)
- 座談会「計算工学の過去・現在・未来」?
- 量子化学計算における計算資源予測機能の改良(グリッド)
- 量子化学計算における計算資源予測機能の改良
- 量子化学計算における計算資源予測機能の設計と実装(数値シミュレーション)
- ニューラルネットワーク入力パラメータの感度解析と偏微分係数解析を用いた赤外線吸収強度に敏感な分子結合パラメータの抽出 : フロン類の赤外吸収強度
- 化学物質の毒性情報と構造活性相関予測
- ニューラルネットワークによる多種類の有機化合物の発ガン性の予測
- 高次元の世界から原子の軌道を眺める
- グローバルコンピューティングのスケジューリングのための性能評価システム(並列処理)
- Javaによる大域的並列計算環境Ninflet (並列処理)
- グローバルコンピューティングシステムのシミュレーションによる評価 (並列処理)
- Ninfによる遠隔計算資源アクセスシステムの構築とグローバルコンピューティングシステムの性能評価
- グローバルコンピューティングシミュレータの概要
- 生体分子の分子動力学シミュレーション(1)方法
- アロエサポナリンIの紫外線防御と一重項酸素消去機能(研究論文紹介)
- 分子軌道計算におけるヘテロクラスタ上での性能評価 : ネットワークおよびタスク分散方式の改良(HPC-8:アプリケーション,2008年並列/分散/協調処理に関する『佐賀』サマー・ワークショップ(SWoPP佐賀2008))
- 分子軌道計算におけるヘテロクラスタ上での効果的な負荷分散方式(HPC-5 : アプリケーションI)
- コンパクトクラスタを利用した分子軌道計算の性能評価(性能評価,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- コンパクトクラスタを利用した分子軌道計算の性能評価(性能評価,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- Partially Direct SCF 法の開発と性能評価
- Car-Parrinello 法のためのリコンフィギャラブル三次元FFT専用プロセッサ
- 科学技術計算専用ロジック組込み型プラットフォーム・アーキテクチャ技術をもちいた化学計算専用計算機の開発 : 概要と成果
- 第一原理DVXα計算専用計算機EHPC-DVXαの開発
- フラグメント分子軌道法プログラムABINIT-MPにおける2電子積分ルーチンの高速化ならびに並列化と性能評価
- 超高速計算環境での生体関連分子の活性・機能予測システムの構築 : HIVプロテアーゼ阻害剤の解析への応用
- FMO-MO法における大規模分子軌道計算 : 解くべき固有値問題の特徴(行列・固有値問題における線形計算アルゴリズムとその応用)
- 浮遊粒子状物質の可視化:RAWデータ処理方式
- Ninfによる遠隔計算資源アクセスシステムの構築とグローバルコンピューティングシステムの性能評価
- Ninfによる遠隔計算資源アクセスシステムの構築とグローバルコンピューティングシステムの性能評価
- 空の色相とエアロゾル散乱光の関係
- 計算化学による高性能リチウムイオン2次電池の負極炭素材料設計 : 特異な炭素骨格構造モデルの探索
- 分子物性推算データベース : CPDB : 分子設計支援システム : MolWorks の開発
- ニューラルネットワーク法による沸点推算式の構築と評価 : 分子設計支援システム : MolWorks の開発
- Summy : Java^によるベンチサイドコンピューティングを目指した材料設計支援システムの開発(1) : 概要と設計
- 拡張ヒュッケル法による分子構造最適化並列処理-分子構造の簡易高速生成の試み-
- Eric(二電子積分計算専用プロセッサ)LSIの開発
- 二電子積分計算専用プロセッサ・アーキテクチャの開発(高性能アーキテクチャ)
- 二電子積分計算専用プロセッサ・アーキテクチャ
- 二電子積分計算専用プロセッサ・アーキテクチャ
- 大規模分子軌道計算における解くべき固有値問題の特徴
- メッセージ通信ライブラリを用いたプログラムの並列化例と計算速度および計算精度の評価
- A-7 高次元アルゴリズムによる最適化の並列処理(2)(並列処理,A.アルゴリズム・基礎)
- A-6 高次元アルゴリズムによる最適化の並列処理(1)(並列処理,A.アルゴリズム・基礎)
- 分子構造最適化の並列処理
- Microsoft Excelを用いた分子軌道の描画の実習(2) : - イオン性，分極関数，貫入 -
- 高次元アルゴリズム (HA : Hamiltonian Algorithm) を用いた Enkephalin の立体構造の分子動力学的研究 : HAに現れる mixing 係数の効果
- 2P080 Reaction Mechanism of Nitric Oxide Reductase Cytochrome P450nor from Fusarium oxysporum
- 拡張 Born の式を用いて溶媒効果を取り入れた電荷平衡法の開発
- 改良 new-γ 式を用いた有機化合物に対する極大吸収波長の計算
- CONFLEX : 生体高分子の現実的配座探索への挑戦
- GAMESSのMCQDPT2計算についての並列化ベンチマーク(並列処理)
- Quantum Chemistry Grid/Gaussian Portal Phase2(高性能計算及び一般)
- Quantum Chemistry GRID/Gaussian Portalの構築
- 電子相関計算用積分変換モジュールの開発
- 計算力学の新たな計算プラットフォームとして
- コンピュータ化学の熱き想いを
- なぜ材料開発に大規模計算が必要か
- 独立行政法人産業技術総合研究所グリッド研究センター
- Grid Computing(第2回 : Gridの応用)
- レプリカ交換分子動力学法を用いたシミュレーション並列化フレームワーク(グリッド応用)
- レプリカ交換分子動力学法による分子シミュレーション並列化REMD Toolkit(HPC-3 : 科学技術計算)(2003年並列/分散/協調処理に関する『松江』サマー・ワークショップ(SWoPP松江2003))
- Grid : 広域分散並列処理環境での高精度分子シミュレーション : C_分子のレプリカ交換モンテカルロ(グリッド応用)
- グリッドで計算科学・計算工学の何が変わるか
- 遠隔メモリ操作に基づく高速メッセージパッシングライブラリFMPLの設計と開発(並列処理)
- 分散並列処理による巨大分子系の電荷計算
- 並列システム性能の視覚的解析とその評価
- 並列システム性能の視覚的解析とその評価
- グローバルコンピューティングシミュレータの概要
- 高分解能分子スペクトル文献データベース : HRMSDBの開発
- 量子化学計算によるリチウムイオン2次電池の炭素材料設計
- 2電子積分計算ルーチンの性能評価
- 生体分子の分子動力学シミュレーションにおける効率的な時間刻みの範囲 : グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン3量体
- 欠測データ集合を扱う神経回路網法CQSAR：Compensation Quantitative Structure-Activity Relationshipsを用いた環境汚染物質濃度推定と分布図–韓国ソウル市の場合–
- 欠測データ集合を扱う神経回路網法 CQSAR : Compensation Quantitative Structure-Activity Relationships を用いた環境指標データの補完と分布図
- 欠測データ集合を扱う神経回路網法 CQSAR : Compensation Quantitative Structure-Activity Relationships の開発
- 欠測データを含むデータの解析が可能な多階層型ニューラルネットワークシミュレーション(CQSAR)法を用いた河川の上流および中・下流を示す水質パラメータの抽出 : 東京多摩川の水質データ(1994-2002)を用いて
- 線形多変量解析を用いた徳島吉野川の水質の解析
- 離散形河川水質モデルと不完全データ問題
- 主成分分析法とニューラルネットワークを用いた河川の上流・中流・下流を示す水質パラメータの抽出 : 東京多摩川の水質データを用いて
- 分子の構造活性相関解析のためのニューラルネットワークシミュレータ : Neco (NEural network simulator for structure-activity COrrelation of molecules) の開発(7) : ペリラルチン類の疎水性パラメータlogPの予測
- Microsoft Excel を用いた分子軌道の描画の実習
- B3LYP法とMP2法のH_2, H_2^+, H_2^-の解離ポテンシャル : HF法との比較
- PCクラスターを用いた ab initio 結晶軌道法の並列処理
- 分子設計統合ソフト HyperChem
- 水の凍結が促進する酸化・還元反応 : ヨウ化物イオン酸性水溶液の凍結によるヨウ素生成
- 高次元アルゴリズムを用いた分子構造最適化のPCクラスターによる並列処理
- 「Change & Challenge」
- Microsoft Excel を用いた分子軌道の描画の実習(2) : イオン性, 分極関数, 貫入
- LiHの分子軌道エネルギー準位図