Grid : 広域分散並列処理環境での高精度分子シミュレーション : C_<20>分子のレプリカ交換モンテカルロ(グリッド応用)
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概要
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高精度なポテンシャルエネルギー関数を用いた分子シミュレーション環境を構築するため,一巡のエネルギー計算をグリッド上に分散して実行するライブラリ(GONライブラリ)を作成した.GONライブラリは,グリッド上の複数の並列計算機に粒粒度のジョブを非同期に発行し,また各ジョブを細粒度並列に実行することで,グリッド上の計算資源を統合的に利用する手段を提供する.ライブラリは計算手法の変更に柔軟に対応でき,かつ利用者から見てリモートでの実行をなるべく隠薮する方向で設計した.このライブラリを用い,エネルギー計算に分子軌道法を直接,用いたレプリカ交換モンテカルロシミュレーションプログラムを作成し,小さなフラーレンであるC_<20>分子に応用した.テスト計算では150時間にわたってほぼ安定に計算を続行し,最大16個の計算サーバに分散した860個のCPUを同時に使用した.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2003-08-15
著者
-
田中 良夫
産業技術総合研究所
-
武宮 博
日本原子力研究開発機構
-
関口 智嗣
産業技術総合研究所
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所ナノシステム研究部門
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所グリッド研究センター
-
池上 努
産業技術総合研究所
-
武宮 博
産業技術総合研究所
-
関口 智嗣
産業技術総合研
-
武宮 博
産業技術総合研究所:科学技術振興機構
-
武宮 博
日立東北ソフトウエア(株)
-
田中 良夫
産業技術総合研
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