GridFMO : グリッド環境を用いた大規模量子化学計算(グリッド)
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概要
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グリッド技術を応用して量子化学計算のアルゴリズムの1つであるフラグメント分子軌道(FMO)法を実装し,タンパク質の大規模電子状態計算を広域分散環境で実行するプログラムGridFMOを開発した.長期間安定な計算を支えるため,Ninf-Gをベースとして高い耐故障性と柔軟な計算資源管理を実現するグリッドミドルウェアを作成した.実証実験として環太平洋地域の10台のクラスタ計算機を用い,各計算機上のバッチキューシステムを介して他ユーザと資源を共有しながら70日間にわたりGridFMO計算を14回実施した.実験を通じ,耐障害性や資源管理機構の必要性を示した.
- 2007-05-15
著者
-
田中 良夫
産業技術総合研究所
-
青柳 睦
九州大学情報基盤研究開発センター
-
高見 利也
九州大学情報基盤研究開発センター
-
関口 智嗣
産業技術総合研究所
-
関口 智嗣
電子技術総合研究所
-
関口 智嗣
独立行政法人産業技術総合研究所
-
青柳 睦
九州大学情報基盤センター
-
高見 利也
九大情基セ
-
高見 利也
京都大学理学部
-
真木 淳
九州大学情報基盤センター
-
横川 三津夫
産総研
-
池上 努
産業技術総合研究所
-
眞木 淳
財団法人九州先端科学技術研究所
-
関口 智嗣
産業技術総合研
-
関口 智嗣
産業技術総合研究所グリッド研究センター
-
田中 良夫
産業技術総合研 情報技術研究部門
-
横川 三津夫
理化学研究所次世代スーパーコンピュータ開発実施本部
-
横川 三津夫
理化学研究所
-
田中 良夫
産業技術総合研
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