片側通信を用いた並列フラグメント分子軌道計算プログラムの実装(HPC-5 : アプリケーションI)
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概要
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フラグメント分子軌道(FMO)法に基づいた量子化学計算を,数万〜数10万プロセッサを用いた超並列計算機で効率よく動作するソースコード作成を目的としている.計算で用いる大容量のデータを分散して保存し,それに対するアクセスを効率よく行うために,MPI-2で実装されている片側通信機構を用いてコーディングを行っている.作成中のコードとペタスケールインターコネクト技術開発プロジェクトで開発された性能評価ツールなどを用いたベンチマークテストの結果や,通信コストを推定した結果から,データの分散保存を行った並列FMOコードが,通信コストの面で,超並列計算機でも効率よく動作することが確認できた.
- 2007-08-01
著者
-
青柳 睦
九州大学情報基盤研究開発センター
-
青柳 睦
九州大学情報基盤センター
-
稲富 雄一
九州大学
-
本田 宏明
九州大学
-
薄田 竜太郎
福岡県産業・科学技術振興財団
-
薄田 竜太郎
(財)福岡県産業・科学技術振興財団
-
真木 淳
九州大学情報基盤センター
-
稲富 雄一
九州大学情報基盤研究開発センター
-
稲富 雄一
(財)九州先端科学技術研究所システムlsi研究室グループ次世代スーパーコンピュータ開発支援室
-
眞木 淳
財団法人九州先端科学技術研究所
-
本田 宏明
九州先端科学技術研究所
-
井上 弘士
九州大学システム情報科学研究院
-
本田 宏明
九州大学情報基盤研究開発センター
-
井上 弘士
九州大学大学院システム情報科学研究院
-
Inoue K
Kyushu
-
本田 宏明
九州大学情報基盤センター
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