FMO-MO法による大規模分子軌道計算(数値シミュレーション)
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概要
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本論文では, フラグメント分子軌道(FMO)法に基づいた分子軌道(FMO-MO)計算についての概要と, 実際のタンパク分子への適用結果を示す.FMO-MO法では, 巨大な分子全体に対する反復解法を行わずにすむため, 従来の分子軌道法では非常に困難であった1,000原子を超える大規模分子の分子軌道計算を, 比較的短時間で行うことができる.大規模クラスタ計算機を用いた場合には, 卵白リゾチーム分子に対するFMO-MO計算を, 4時間半程度で行うことができた.また, 小さなサイズの分子軌道計算では見えなかった一般化固有値問題を解く時間が, 全計算時間の34%となり比較的大きなウェイトを占めることが明らかとなった.
- 2005-05-15
著者
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所ナノシステム研究部門
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所グリッド研究センター
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所計算科学研究部門
-
稲富 雄一
九州大学
-
櫻井 鉄也
筑波大学大学院システム情報工学研究科
-
櫻井 鉄也
筑波大学システム情報工学研究科
-
梅田 宏明
産業技術総合研究所
-
稲富 雄一
産業技術総合研究所グリッド研究センター
-
稲富 雄一
九州大学情報基盤研究開発センター
-
櫻井 鉄也
科学技術振興機構(JST)戦略的創造研究推進事業(CREST)
-
稲富 雄一
(財)九州先端科学技術研究所システムlsi研究室グループ次世代スーパーコンピュータ開発支援室
-
長島 雲兵
先端情報研究センター
-
渡邊 寿雄
産業技術総合研究所計算化学研究部門
-
渡辺 寿雄
筑波大学化学系
-
渡邊 寿雄
産業技術総合研究所計算科学研究部門
-
渡邉 寿雄
産総研・gtrc
-
梅田 宏明
産業技術総合研究所計算化学研究部門
-
Watanabe Toshio
Research Institute For Computational Sciences National Institute Of Advanced Industrial Science And
-
Watanabe Toshio
Department Of Chemistry University Of Tsukuba
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所 グリッド研究センター
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