2電子積分計算ルーチンの性能評価
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概要
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本論文では、分子軌道計算で最も時間のかかる２電子反発積分の計算を新小原法[6, 7]とVertical Recurrence Relation (VRR)[5]とHorizontal Recurrence Relation (HRR)[8]のhybridアルゴリズムをもちいた2種類のプログラムで行い、Pentium4 (3.6GHz, EM64T, 1GB L2 cache) 上で浮動小数演算数や必要クロックサイクル数などのプロセッサイベントを計測することにより、その性能を評価した。新小原法プログラムの浮動小数点演算数は、hybrid法のそれに比べ20%ほど少ないが、性能はhybrid法プログラムの方が高かった。これは、新小原法プログラムのメモリアクセス回数がhybrid法プログラムに比べ３倍ほど多く、キャッシュミスは25倍も多いことに起因する。このように浮動小数演算数が少なくても、メモリアクセスが多くなることで、計算速度が大きく低下することが分かった。したがって、2電子積分を高速に行うためには、演算数だけでなく、中間積分などを保存、利用するためのメモリアクセス数を減少させる工夫が必要である。
- 日本コンピュータ化学会の論文
- 2005-12-15
著者
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所ナノシステム研究部門
-
小原 繁
北海道教育大学釧路校
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所グリッド研究センター
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所計算科学研究部門
-
稲富 雄一
九州大学
-
稲富 雄一
産業技術総合研究所グリッド研究センター
-
稲富 雄一
九州大学情報基盤研究開発センター
-
稲富 雄一
(財)九州先端科学技術研究所システムlsi研究室グループ次世代スーパーコンピュータ開発支援室
-
長島 雲兵
先端情報研究センター
-
小原 繁
北海道教育大学教育学部釧路校化学教室
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