コンパクトクラスタを利用した分子軌道計算の性能評価(性能評価,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
ハイパフォーマンスアプリケーションであるHF法を用いた分子軌道計算プログラムにおいて,全体の実行時間の約99%の時間をFock行列生成に費やされている.分子軌道計算プログラムをはじめとするハイパフォーマンスアプリケーションを低消費電力かつ省スペースで実行するために,我々は組み込み部品を利用したコンパクトクラスタ(EMDCシステム)を開発し,その上で並列Fock行列生成プログラムを実装するための通信ライブラリを開発した.EMDCシステム上で,並列Fock行列プログラムを2種類(動的負荷分散および静的負荷分散)を実行した結果,どちらのプログラムもFock行列生成において90%以上の高い並列化効率を示した.特に,動的負荷分散では,EMDCシステムのようなヘテロクラスタシステムで有効であることが実証された.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2007-03-01
著者
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所ナノシステム研究部門
-
佐々木 徹
(株)アプリオリ・マイクロシステムズ
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所グリッド研究センター
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所計算科学研究部門
-
早川 潔
大阪府立工業高等専門学校
-
梅田 宏明
産業技術総合研究所
-
佐々木 徹
アプリオリマイクロシステムズ
-
長島 雲兵
先端情報研究センター
-
梅田 宏明
産業技術総合研究所:crest科学技術振輿機構
関連論文
- とびらの言葉
- 水の凍結が促進する酸化・還元反応 : ― ヨウ化物イオン酸性水溶液の凍結によるヨウ素生成 ―
- Microsoft Excelを用いた分子軌道の描画の実習
- 波長760–1000 nmで検出される大気エアロゾルの分布
- 浮遊粒子状物質の可視化：画像的アプローチ
- 北緯32度, 東経120-130度上空のSPM濃度
- リアルタイム三次元可視化分子動力学シミュレータMolecula Numericaの開発
- Basis Quantum Monte Carlo 法による1次元及び3次元調和振動子内の2フェルミ粒子の計算
- 生体分子の分子動力学シミュレーション(2)応用
- FMO-MO法による大規模分子軌道計算(数値シミュレーション)
- 座談会「計算工学の過去・現在・未来」?
- 量子化学計算における計算資源予測機能の改良(グリッド)
- 量子化学計算における計算資源予測機能の改良
- 量子化学計算における計算資源予測機能の設計と実装(数値シミュレーション)
- ニューラルネットワーク入力パラメータの感度解析と偏微分係数解析を用いた赤外線吸収強度に敏感な分子結合パラメータの抽出 : フロン類の赤外吸収強度
- 化学物質の毒性情報と構造活性相関予測
- ニューラルネットワークによる多種類の有機化合物の発ガン性の予測
- 高次元の世界から原子の軌道を眺める
- グローバルコンピューティングのスケジューリングのための性能評価システム(並列処理)
- Javaによる大域的並列計算環境Ninflet (並列処理)
- グローバルコンピューティングシステムのシミュレーションによる評価 (並列処理)
- Ninfによる遠隔計算資源アクセスシステムの構築とグローバルコンピューティングシステムの性能評価
- グローバルコンピューティングシミュレータの概要
- 生体分子の分子動力学シミュレーション(1)方法
- アロエサポナリンIの紫外線防御と一重項酸素消去機能(研究論文紹介)
- 分子軌道計算におけるヘテロクラスタ上での性能評価 : ネットワークおよびタスク分散方式の改良(HPC-8:アプリケーション,2008年並列/分散/協調処理に関する『佐賀』サマー・ワークショップ(SWoPP佐賀2008))
- 分子軌道計算におけるヘテロクラスタ上での効果的な負荷分散方式(HPC-5 : アプリケーションI)
- STMシミュレータの開発(シミュレーション・エミュレーション,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- コンパクトクラスタを利用した分子軌道計算の性能評価(性能評価,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- STMシミュレータの開発(シミュレーション・エミュレーション,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- コンパクトクラスタを利用した分子軌道計算の性能評価(性能評価,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- STMシミュレータの並列化(科学技術計算,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2006))
- STMシミュレータの並列化(科学技術計算, 「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2006))
- Partially Direct SCF 法の開発と性能評価
- Car-Parrinello 法のためのリコンフィギャラブル三次元FFT専用プロセッサ
- 科学技術計算専用ロジック組込み型プラットフォーム・アーキテクチャ技術をもちいた化学計算専用計算機の開発 : 概要と成果
- 化学計算専用計算機のプラットフォームシステム
- リコンフィギャラブル三次元FFT専用プロセッサ(リコンフィギャラブルシステム, リコンフィギャラブルシステム, 一般)
- Car-Parrinello計算向け三次元FFTロジックの開発(並列処理応用)
- FPGAによるDivergence専用演算器の実装と検証(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAによるDivergence専用演算器の実装と検証(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAによるDivergence専用演算器の実装と検証(FPGAとその応用及び一般)
- 第一原理DVXα計算専用計算機EHPC-DVXαの開発
- 科学技術計算向けFPGA基板の設計と評価(チップ内回路とリコンフィギュアラブルシステム)
- GSMAC-FEM専用プロセッサの検討
- フラグメント分子軌道法プログラムABINIT-MPにおける2電子積分ルーチンの高速化ならびに並列化と性能評価
- 超高速計算環境での生体関連分子の活性・機能予測システムの構築 : HIVプロテアーゼ阻害剤の解析への応用
- 2000-HPC-82-1 科学技術計算専用ロジック組み込み型プラットフォーム・アーキテクチャの開発 : プロジェクト全体像
- FMO-MO法における大規模分子軌道計算 : 解くべき固有値問題の特徴(行列・固有値問題における線形計算アルゴリズムとその応用)
- 浮遊粒子状物質の可視化:RAWデータ処理方式
- 2000-HPC-82-4 科学技術計算専用ロジック組み込み型プラットフォーム・アーキテクチャの開発 : GSMAC有限要素法専用ロジックの検討
- Ninfによる遠隔計算資源アクセスシステムの構築とグローバルコンピューティングシステムの性能評価
- Ninfによる遠隔計算資源アクセスシステムの構築とグローバルコンピューティングシステムの性能評価
- 空の色相とエアロゾル散乱光の関係
- 計算化学による高性能リチウムイオン2次電池の負極炭素材料設計 : 特異な炭素骨格構造モデルの探索
- 分子物性推算データベース : CPDB : 分子設計支援システム : MolWorks の開発
- ニューラルネットワーク法による沸点推算式の構築と評価 : 分子設計支援システム : MolWorks の開発
- Summy : Java^によるベンチサイドコンピューティングを目指した材料設計支援システムの開発(1) : 概要と設計
- 拡張ヒュッケル法による分子構造最適化並列処理-分子構造の簡易高速生成の試み-
- Eric(二電子積分計算専用プロセッサ)LSIの開発
- 二電子積分計算専用プロセッサ・アーキテクチャの開発(高性能アーキテクチャ)
- 二電子積分計算専用プロセッサ・アーキテクチャ
- 二電子積分計算専用プロセッサ・アーキテクチャ
- 大規模分子軌道計算における解くべき固有値問題の特徴
- メッセージ通信ライブラリを用いたプログラムの並列化例と計算速度および計算精度の評価
- Microsoft Excelを用いた分子軌道の描画の実習(2) : - イオン性，分極関数，貫入 -
- 高次元アルゴリズム (HA : Hamiltonian Algorithm) を用いた Enkephalin の立体構造の分子動力学的研究 : HAに現れる mixing 係数の効果
- 2P080 Reaction Mechanism of Nitric Oxide Reductase Cytochrome P450nor from Fusarium oxysporum
- 拡張 Born の式を用いて溶媒効果を取り入れた電荷平衡法の開発
- 改良 new-γ 式を用いた有機化合物に対する極大吸収波長の計算
- CONFLEX : 生体高分子の現実的配座探索への挑戦
- GAMESSのMCQDPT2計算についての並列化ベンチマーク(並列処理)
- Quantum Chemistry Grid/Gaussian Portal Phase2(高性能計算及び一般)
- Quantum Chemistry GRID/Gaussian Portalの構築
- 電子相関計算用積分変換モジュールの開発
- 計算力学の新たな計算プラットフォームとして
- コンピュータ化学の熱き想いを
- なぜ材料開発に大規模計算が必要か
- 独立行政法人産業技術総合研究所グリッド研究センター
- Grid Computing(第2回 : Gridの応用)
- レプリカ交換分子動力学法を用いたシミュレーション並列化フレームワーク(グリッド応用)
- レプリカ交換分子動力学法による分子シミュレーション並列化REMD Toolkit(HPC-3 : 科学技術計算)(2003年並列/分散/協調処理に関する『松江』サマー・ワークショップ(SWoPP松江2003))
- 2000-HPC-82-2 科学技術計算専用ロジック組込み型プラットフォーム・アーキテクチャの開発 : プラットフォーム・アーキテクチャ
- Grid : 広域分散並列処理環境での高精度分子シミュレーション : C_分子のレプリカ交換モンテカルロ(グリッド応用)
- 遠隔メモリ操作に基づく高速メッセージパッシングライブラリFMPLの設計と開発(並列処理)
- 高分解能分子スペクトル文献データベース : HRMSDBの開発
- 量子化学計算によるリチウムイオン2次電池の炭素材料設計
- 第一原理分子軌道計算DVXα法のオブジェクト指向化と専用計算機の開発
- 2電子積分計算ルーチンの性能評価
- 生体分子の分子動力学シミュレーションにおける効率的な時間刻みの範囲 : グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン3量体
- 欠測データ集合を扱う神経回路網法CQSAR：Compensation Quantitative Structure-Activity Relationshipsを用いた環境汚染物質濃度推定と分布図–韓国ソウル市の場合–
- 欠測データ集合を扱う神経回路網法 CQSAR : Compensation Quantitative Structure-Activity Relationships を用いた環境指標データの補完と分布図
- 欠測データ集合を扱う神経回路網法 CQSAR : Compensation Quantitative Structure-Activity Relationships の開発
- 欠測データを含むデータの解析が可能な多階層型ニューラルネットワークシミュレーション(CQSAR)法を用いた河川の上流および中・下流を示す水質パラメータの抽出 : 東京多摩川の水質データ(1994-2002)を用いて
- 線形多変量解析を用いた徳島吉野川の水質の解析
- 離散形河川水質モデルと不完全データ問題
- 主成分分析法とニューラルネットワークを用いた河川の上流・中流・下流を示す水質パラメータの抽出 : 東京多摩川の水質データを用いて
- 分子の構造活性相関解析のためのニューラルネットワークシミュレータ : Neco (NEural network simulator for structure-activity COrrelation of molecules) の開発(7) : ペリラルチン類の疎水性パラメータlogPの予測
- B3LYP法とMP2法のH_2, H_2^+, H_2^-の解離ポテンシャル : HF法との比較
- 「Change & Challenge」