生体分子の分子動力学シミュレーションにおける効率的な時間刻みの範囲 : グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン3量体
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概要
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分子動力学シミュレーションを行うとき、時間刻みをどの程度まで大きく取ることができるのか、その許容範囲について調べた。積分方法はベルレ法を用い、時間刻み幅を0.02フェムト秒(fs)から3.0 fs まで増大させた。5種類のアミノ酸（Glycine, Alanine, Valine, Leucine, Isoleucine ）3量体を計算対象とした。基準時間刻み(0.02 fs)とその他の時間刻みについてのエネルギー差の平均値は、時間刻み幅のほぼ2乗で増加するが、標準偏差は時間刻み0.5 fsから1.5 fsまではほとんど差がみられなかった。つまり、この範囲内ではどの時間刻みでシミュレーションを行ってもあまり差がない。ゆえに、今回の例の場合、時間刻み1.5 fs付近でシミュレーションを行うのが時間短縮の面から効果的である事が示唆された。
- 日本コンピュータ化学会の論文
- 2007-12-15
著者
-
寺前 裕之
城西大学理学部化学科
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所ナノシステム研究部門
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所グリッド研究センター
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所計算科学研究部門
-
石元 孝佳
産業技術総合研究所計算化学研究部門
-
寺前 裕之
城西大学 理学部化学科
-
佐藤 麗
城西大学 理学部化学科
-
寺前 裕之
城西大学理学研究科物質科学専攻
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所 グリッド研究センター
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