超高速計算環境での生体関連分子の活性・機能予測システムの構築 : HIVプロテアーゼ阻害剤の解析への応用
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概要
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We have developed an object oriented large-scale scientific simulations system that contains algorithms of molecular scientific computing programs, called Embedded High-Performance Computing (EHPC). As an application of the system, "EHPC-Drug platform" has been constructed for rational drug design. It can provide a high-performance computing ability for exhaustive conformational analyses of biomolecules, generating computation of their three-dimensional topological descriptors, and docking calculations with their target receptors. To enhance its computing abilities, we are also planning to apply Grid computing technology to this system for parallel and distributed computing and Grid Data processing. As a critical test of our approach, we applied it to a prediction of bound conformation of several HIV protease inhibitors with the protease.
- 日本応用数理学会の論文
- 2004-12-25
著者
-
村上 和彰
九州大学大学院システム情報科学府
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所ナノシステム研究部門
-
長嶋 雲兵
産業技術総合研究所グリッド研究センター
-
中馬 寛
徳島大学大学院ヘルスバイオサイエンス研究部(薬学系):科学技術振興機構社会技術研究開発センター
-
浜田 道昭
(株)富士総合研究所
-
馮 誠
(株)富士総合研究所
-
稲垣 祐一郎
(株)富士総合研究所
-
中馬 寛
徳島大学・薬学部
-
村上 和彰
九州大学大学院 システム情報科学研究院 情報理学部門
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