第一原理分子軌道計算DVXα法のオブジェクト指向化と専用計算機の開発
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
DVXα法に基づく第一原理分子軌道計算プログラムをオブジェクト指向C++言語を用いて作成した。さらに計算時間の90%以上の部分を占める行列要素算出部分を並列化し、計算速度の向上を図った。また、Sparc Station10(74MHz)をホストとしてTI320C40プロセッサ64台からなるアクセラレータを持つ専用計算機を開発した。 Si78B6H53クラスタの計算をホストのみで実行した場合に比べ、アクセラレータを用いた並列分散処理では40倍程度の高速化が実現された。特に並列処理を行った行列要素算出部分に関しては100倍以上の性能向上となり、スーパーリニアスピードアップを観測した。
- 化学ソフトウェア学会の論文
- 2000-12-01
著者
-
長嶋 雲兵
産業技術融合領域研究所
-
佐々木 徹
(株)アプリオリ・マイクロシステムズ
-
塚田 捷
東京大学大学院理学系研究科・理学部
-
塚田 捷
早稲田大学大学院理工学研究科ナノ理工学専攻
-
塚田 捷
東京大学理学部物理学科
-
佐々木 徹
( 株 ) ソニー木原研究所
-
Tsukada Mineharu
Fujitsu Laboratories Inorganic Materials & Polymers Laboratory
関連論文
- 生体分子の分子動力学シミュレーション(2)応用
- IUVSTA Scientific and Technical Divisions (STD) の報告
- 座談会「計算工学の過去・現在・未来」?
- ニューラルネットワークによるマススペクトルからの構造推定
- 19aXF-5 グラファイト表面上グラファイトフレークのダイヤモンド探針によるAFMシミュレーション(表面・界面ダイナミクス(金属表面・理論),領域9(表面・界面,結晶成長))
- グローバルコンピューティングのスケジューリングのための性能評価システム(並列処理)
- 生体分子の分子動力学シミュレーション(1)方法
- 分散メモリ型並列計算機に適した新しい大規模フォック行列生成アルゴリズム : RT並列アルゴリズム
- 分散メモリ型並列計算機に適した新しい大規模フォック行列生成アルゴリズム-積分カットオフとの関連-
- 金属表面と吸着物質との相互作用
- 26a-Z-4 銀(110)表面の酸素吸着(理論的研究)
- 分子軌道計算におけるヘテロクラスタ上での性能評価 : ネットワークおよびタスク分散方式の改良(HPC-8:アプリケーション,2008年並列/分散/協調処理に関する『佐賀』サマー・ワークショップ(SWoPP佐賀2008))
- 分子軌道計算におけるヘテロクラスタ上での効果的な負荷分散方式(HPC-5 : アプリケーションI)
- STMシミュレータの開発(シミュレーション・エミュレーション,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- コンパクトクラスタを利用した分子軌道計算の性能評価(性能評価,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- STMシミュレータの開発(シミュレーション・エミュレーション,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- コンパクトクラスタを利用した分子軌道計算の性能評価(性能評価,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2007))
- STMシミュレータの並列化(科学技術計算,「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2006))
- STMシミュレータの並列化(科学技術計算, 「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2006))
- Partially Direct SCF 法の開発と性能評価
- Car-Parrinello 法のためのリコンフィギャラブル三次元FFT専用プロセッサ
- 科学技術計算専用ロジック組込み型プラットフォーム・アーキテクチャ技術をもちいた化学計算専用計算機の開発 : 概要と成果
- 化学計算専用計算機のプラットフォームシステム
- リコンフィギャラブル三次元FFT専用プロセッサ(リコンフィギャラブルシステム, リコンフィギャラブルシステム, 一般)
- Car-Parrinello計算向け三次元FFTロジックの開発(並列処理応用)
- FPGAによるDivergence専用演算器の実装と検証(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAによるDivergence専用演算器の実装と検証(FPGAとその応用及び一般)
- FPGAによるDivergence専用演算器の実装と検証(FPGAとその応用及び一般)
- 第一原理DVXα計算専用計算機EHPC-DVXαの開発
- 科学技術計算向けFPGA基板の設計と評価(チップ内回路とリコンフィギュアラブルシステム)
- GSMAC-FEM専用プロセッサの検討
- 原子スケールの摩擦を見る(摩擦の物理,研究会報告)
- はじめに (〈超伝導接合の物理と応用〉特集号) -- (はじめに--超伝導接合の物理)
- 2000-HPC-82-1 科学技術計算専用ロジック組み込み型プラットフォーム・アーキテクチャの開発 : プロジェクト全体像
- 30pYQ-2 Si(111)-√×√-Ag非対称構造表面の非接触AFM像の第一原理シミュレーション
- 27pYQ-4 Si(111)√×√-Ag再構成表面の相転移とデバイワラー因子
- 24pPSA-18 Si(111)-√×√表面構造の対称性の破れに関するポテンシャル面
- 2000-HPC-82-4 科学技術計算専用ロジック組み込み型プラットフォーム・アーキテクチャの開発 : GSMAC有限要素法専用ロジックの検討
- 分子の構造活性相関解析のためのニュートラルネットワークシミュレータ : Neco(NEural network simulator for structure-activity COrrelation of molecules)の開発(6) 機械構造用Cr-Mo鋼, Ni鋼, Ni-Cr鋼およびNi-Cr-Mo鋼の力学的性質の推定
- パーセプトロン型ニューラルネットワークと多次元C^k級補間法を用いた樹脂被覆肥料の溶出誘導時間および80%溶出時間の推定 - 分子の構造活性相関解析のためのニューラルネットワークシミュレータ: Neco(NEural network simulator for structure-activity COrrelation of molecules)の開発(5) -
- 分子の構造活性相関解析のためのニューラルネットワークシミュレータ:Neco(NEural network simulator for structure-activity COrrelation of molecules)の開発(4)-ペリラルチン類の甘味・苦味分類-
- 拡張ヒュッケル法による分子構造最適化並列処理-分子構造の簡易高速生成の試み-
- 表面バイオインタフェースの理論解析
- ナノ構造のコンダクタンスの理論
- 20pYE-9 グリーン関数による単分子の電気伝導の第一原理計算
- ポルフィリン分子架橋系の量子輸送の理論予測
- 序章 走査プローブ顕微鏡とは (走査プローブ顕微鏡で見る固体物理 特集号)
- 茶カテキン類のC-6位またはC-8位におけるヒドロキシメチル化の反応性を高めるためには? - C-3位のガレート基導入効果の理論的研究 -
- NaraViewのParafrase-2との連携における効果的な並列化支援
- 24pPSA-25 計算機シミュレーションによるDihydride-Si(001)表面の非接触原子間力顕微鏡像(ポスターセッション,領域9,表面・界面,結晶成長)
- 22pPSA-96 Si(111)DAS構造の原子間力顕微鏡像のシミュレーション(領域9ポスターセッション,領域9,表面・界面,結晶成長)
- 20pTG-2 強束縛近似による水素終端Si表面の原子間力顕微鏡像のシミュレーション(水素ダイナミクス,微粒子・クラスタ,表面磁性,領域9,表面・界面,結晶成長)
- 26aYC-7 メチル終端Si表面のAFMシミュレーション(26aYC 表面界面構造,領域9(表面・界面,結晶成長))
- 29pYB-4 メチル基不純物を含む水素終端Si表面のAFMシミュレーション(29pYB 表面界面構造,領域9(表面・界面,結晶成長))
- 21aPS-45 DFTB法による有機分子/Si表面のSPMシミュレーション(領域9ポスターセッション,領域9(表面・界面,結晶成長))
- 並列コンピュータの発達と計算化学--バーチャルマイクロスコープの開発を目指して (高精度分子設計と新素材開発--機能化学の新展開をめざして) -- (分子設計から材料設計へ)
- 30aYE-6 リカージョン伝達行列法による電界放射の第一原理計算(表面界面電子物性(金属・有機))(領域9)
- Si(001)表面上の水のプロトンリレー型解離吸着
- 2000-HPC-82-2 科学技術計算専用ロジック組込み型プラットフォーム・アーキテクチャの開発 : プラットフォーム・アーキテクチャ
- 20aPS-54 液中でのnc-AFMのシミュレーション(ポスターセッション,領域9,表面・界面,結晶成長)
- 応用物理と計算科学
- 第一原理分子軌道計算DVXα法のオブジェクト指向化と専用計算機の開発
- 18pWD-2 理論 : 伝導に対する固体物理からのアプローチ
- サロン 日米ナノテクノロジー若手研究者交流プログラムに参加して
- 29pZP-16 ナノチューブトーラス中の常磁性永久電流(ナノチューブ(伝導特性・磁性))(領域7)
- 分子架橋系およびナノチューブ系の量子伝導
- 30aPS-46 有機分子AFM像の原子分解能に関するシミュレーション(30aPS 領域9ポスターセッション(表面,界面,結晶成長),領域9(表面・界面,結晶成長))
- 非接触原子間力顕微鏡における摩擦の物理
- 動的モード原子間力顕微鏡に現れる非保存的過程
- 原子スケール摩擦のシミュレーション解析
- 原子スケール摩擦の素過程の理論
- 20aWD-7 動的表面における探針高さと温度の効果
- 5 原子間力顕微鏡における微視的凝着の理論(固体間凝着現象)
- 走査プローブ顕微鏡の理論 -その現状と新展開-
- 摩擦力顕微鏡の物理 -ナノトライボロジーのメカニクス-
- 摩擦力顕微鏡像に現れるマイクロトライボロジー機構
- 原子間力顕微鏡が見る摩擦の素過程
- 原子マニピュレーションと原子コンタクト
- Model Potential for the Dimer System on the Si(001) Surface Improved by a First-Principles Calculation and Structural Fluctuation Studied by a Monte Carlo Simulation(Condensed Matter : Structure, Mechanical and Thermal Properties)
- Time-Fluctuation of the Dimer Structure on a Ge(001) Surface Studied by a Monte Carlo Simulation and a First-Principles Calculation
- 日本表面科学会の社団法人化を祝して
- 分子架橋の電子輸送と新機能探索 : 分子デバイス光応答への期待
- 豊かな可能性をはらむ原子間力顕微鏡と理論シミュレータ
- 20pWH-8 分子ブリッジにおけるI-V特性の理論解析(ナノチューブ・ナノワイヤ,領域9,表面・界面,結晶成長)
- 走査プローブ顕微鏡における理論シミュレーションの方法 (走査プローブ顕微鏡で見る固体物理 特集号) -- (理論)
- 30pXJ-10 分子ナノワイヤにおけるキャリアの輸送過程の理論解析(30pXJ ナノチューブ・ナノワイヤ,領域9(表面・界面,結晶成長))
- 固体物理学の周辺 表面・界面そしてナノ構造の理論
- 20pYE-1 走査プローブ顕微鏡の理論的展開
- 表面科学会のさらなる発展のために
- 表面研究における理論の役割
- Theoretical Analysis of Tip Effect on Noncontact Atomic Force Microscopy Image of Si(100) 2×1 : H Surface(Surfaces, Interfaces, and Films)
- 電子放出機構の量子力学的基礎
- 水素終端表面の構造と動力学
- 走査トンネル顕微鏡の物理
- 第8回表面物理シンポジューム
- 表面科学誌のさらなる展発のために
- 第19回表面物理国際セミナー
- 表面のための電状態理論
- 第9回走査トンネル顕微鏡/分光および関連技術国際会議
- 基礎と応用の連携を