ワークステーションクラスタを用いたホモロジー解析
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概要
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ホモロジー解析とはデータ配列間の類似性の判断を行うもので,これまで主に,生物学の分野でアミノ酸の塩基配列の類似性の判定を行うのに用いられてきた.このホモロジー解析を定量的に行うダイナミック・プログラミング法 (Dynamic Programming Method : DP) において,必要となる主記憶容量と計算時間は配列の長さNの2乗に比例するため,現実的に計算できる配列の大きさの限界は主記憶容量によって決まる.本研究ではその計算可能次数の拡大および計算時間の縮小を図るため,Toshiba AS4040 (SUN4 ipc) 30台によるワークステーションクラスタを用いた実験では,データ列の計算可能次数上限を大幅に拡大することが可能となった.さらに,1台による実行時間から期待される台数倍の性能が並列化により得られた.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1995-08-15
著者
-
関口 智嗣
電子技術総合研究所
-
佐藤 三久
電子技術総合研究所
-
日向寺 祥子
東海大学電子計算センター
-
長島 雲兵
先端情報研究センター
-
坂田 聡子
お茶の水女子大学大学院理学研究科
-
長島 雲兵
お茶の水女子大学理学部情報科学科
-
細矢谷 治夫
お茶の水女子大学理学部情報科学科
-
坂田 聡子
お茶の水女子大学理学部情報科学科:東京電力株式会社
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