幾何学的なサフィックス木による高速類似構造検索手法
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概要
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本論文では,大規模の蛋白質立体構造データベースに対する高速な類似構造検索を実現するために,従来の幾何学的サフィックス木の問題点を解決する方式を提案する.具体的には,提案手法は,大容量の幾何学的サフィックス木のノードが格納されたデータページのやりとりをするバッファ管理法,類似構造検索の高速化ための隠れ配列法より構成されている.データページのやりとりをするバッファ管理法については,木の上位レベルのノードがバッファ上に残るようにデータページの制御を行っている.隠れ配列法については,解をサーチするためのディスクI/O回数を低減させるために隠れ配列と呼ばれるデータ構造を木の各ノードに追加している.提案方式の有効性を確認するために,提案方式を実装し,類似構造検索の速度や精度を測定し,従来の幾何学的サフィックス木と比較している.その結果,提案方式ではスケーラビリティに優れ,大規模データに対して従来の幾何学的サフィックス木よりも高速な類似構造検索を提供できることが分かった.
- 2013-12-27
著者
-
田村 慶一
広島市立大学大学院情報科学研究科
-
北上 始
広島市立大学大学院情報科学研究科
-
黒木 進
広島市立大学大学院情報科学研究科
-
高橋 誉文
広島市立大学大学院情報科学研究科
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北上 始
広島市立大学大学院
-
黒木 進
広島市立大学大学院
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高橋 誉文
広島市立大学大学院
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田村 慶一
広島市立大学大学院
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