異種系統樹間の調停のためのゼロ交差制約の充足
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概要
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二つの異種系統樹データベースから解析に必要な二つの部分木を検索し, それらの部分木から一つの調停木を作成することは, 生物種の分子進化学的な研究を行うために有用である. この調停木の作成・利用を効果的に行うために, それらの二つの部分木に対して木の葉節点列がお互いに一致する順序木を見つけることが大変重要である. それらの二つの順序木はゼロ交差制約を満足しており, 木構造同士を比較研究する上で便利な順序づけになっている. 本論文では, 検索された二つの部分木 (異種系統樹) からゼロ交差制約を満足する二つの順序木を探索する方法が提案されている. ゼロ交差制約の充足は, 葉節点列間に結合行列を定義し, その結合行列に対して, あるヒューリスティックを用いた木探索を行うことにより達成されている. この木探索では, 木の枝の間に交差が発生するのを回避するために, 葉節点に関するクラスタを定義し, クラスタ同士の交換に基づいた葉節点列の順序づけを行っている.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1999-05-15
著者
-
森 康真
広島市立大学大学院情報科学研究科
-
北上 始
広島市立大学大学院情報科学研究科
-
斎藤 成也
国立遺伝学研究所・進化遺伝研究部門
-
太田 聡史
国立遺伝学研究所進化遺伝学研究部門
-
森 康真
広島市立大学情報科学研究科
-
斎藤 成也
国立遺伝学研究所
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