CMO問題に対する改良版EOを用いた発見的解法
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概要
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蛋白質の類似構造を抽出する手法として蛋白質立体構造アラインメントがある.蛋白質立体構造アラインメントは構造的な類似性を使い,比較する蛋白質どうしの残基間の対応関係を求める.蛋白質立体構造アラインメントを組合せ最適化問題として定式化したのがCMO(Contact Map Overlap)問題である.CMO問題はコンタクトマップと呼ばれるグラフについて,頂点間のアラインメントにより保存される共通コンタクトと呼ばれる構造の数を最大化する問題である.CMO問題は,NP困難な問題の1つであることが知られており,進化計算を用いた手法などの研究が行われている.本論文では,CMO問題に対する改良版EOを用いた発見的解法を提案する.提案手法の特徴は,(1)世代交代に改良版EOを用いること,(2)動的計画法を用いて初期個体を作成すること,(3)改良版EOにおける状態遷移に即時移動戦略ではなく,最良移動戦略を用いることである.提案手法を実際に実装し,評価実験を行った結果,EOによる発見的解法よりも評価の高い最良解が得られた.
- 2013-12-27
著者
-
田村 慶一
広島市立大学大学院情報科学研究科
-
北上 始
広島市立大学大学院情報科学研究科
-
高橋 誉文
広島市立大学大学院情報科学研究科
-
中田 章宏
広島市立大学大学院情報科学研究科
-
北上 始
広島市立大学大学院
-
高橋 誉文
広島市立大学大学院
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