幾何学的サフィックス木に対する並列処理性能の評価

概要

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ディスク上に蓄積された幾何学的サフィックス木は,蛋白質立体構造データベースに対する高速な類似検索のための索引構造として利用可能である.しかしながら,蛋白質立体構造データベースの大規模化により,その索引構造の構築に多くの時間を費やすだけではなく,索引構造を用いた類似検索に要する時間にも影響を与える.本論文では,並列化による高速処理を実現するために,幾何学的サフィックス木の構築および幾何学的サフィックス木を用いた類似構造検索の双方をマスタワーカーモデルや分散ワーカモデルを用いて並列化することにより高速処理を実現する方法を提案する.著者らは,幾何学的サフィックス木の従来の構築法が並列化に直接向いていないという点に着目し,並列化をする前に,予め,この構築方法を従来のインクリメンタルな構築方式 (座標配列ごとの逐次方式) から全データをまとめて処理するトップダウン方式に変更している.また,データページを管理するバッファ管理法の変更も行っている.さらに,構築と検索のそれぞれに対して,データ分割法による並列化とタスク分割法による並列化を実施し,それらの並列性能を評価している.実験により並列性能を測定した結果,幾何学的サフィックス木の並列構築においては,データ分割法がタスク分割法よりも優れており,類似構造検索においては,タスク分割法がデータ分割法よりも優れていることが判明した.
2014-06-18

幾何学的サフィックス木に対する並列処理性能の評価

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