分散並列環境におけるディスクベースサフィックス木の構築と検索
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概要
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サフィックス木は分子生物学分野の配列データベースから頻出な配列パターンを抽出するための有用なデータ構造の一つである.しかしながら,サフィックス木は,メモリオーバーヘッドによる性能低下が原因で,大規模な配列データベースのサフィックス木を構築することは難しい.この問題を解決するために,我々は,分散並列環境におけるディスクベースサフィックス木の並列構築方式を提案する.並列モデルにはマスク・ワーカモデルを適用する.我々は,提案方式を実装,評価した結果,大規模な配列データベースに対応できることを確認した.また,並列構築された分散サフィックス木の応用として,データマイニング処理の一機能である曖昧検索を行い,その有効性を評価した.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2008-07-07
著者
-
高木 允
広島市立大学大学院情報科学研究科
-
田村 慶一
広島市立大学大学院情報科学研究科
-
北上 始
広島市立大学大学院情報科学研究科
-
荒木 康太郎
広島市立大学大学院情報科学研究科
-
澤田 祐介
広島市立大学大学院情報科学研究科
-
高木 允
広島市立大学大学院情報科学研究科:日本学術振興会
-
荒木 康太郎
広島市立大学大学院情報科学研究科:(現)(株)日立製作所
-
北上 始
広島市立大学大学院
-
田村 慶一
広島市立大学大学院
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