MSTに基づくSVMパス追跡を用いた多重多変量2標本検定による遺伝子群解析に関する一考察(IBIS2010(情報論的学習理論ワークショップ))
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概要
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マイクロアレイ技術により,多くの遺伝子発現量を同時に計測できるようになった.本研究では,生物学的に関連の深い複数の遺伝子からなるグループ(遺伝子群)のうち,2標本で発現パターンの異なっている遺伝子群を同定する問題を考察する.このような遺伝子群を同定する問題は遺伝子群解析(gene set analysis)と呼ばれ,多重多変量2標本検定として定式化される.本研究では,この問題のためにサポートベクトルマシン(SVM)に基づく多重多変量2標本検定を導入する.このアプローチにおいては,統計量の帰無分布をラベル並べ替え演算により推定しなければならないためSVMの学習(最適化)を多数回行わなくてはならない.本稿ではSVMのラベル並べ替え解を効率的に計算するため,最小全域木(MST)とパス追跡を用いるアプローチを提案する.
- 2010-10-28
著者
-
泉 泰介
名古屋工業大学大学院工学研究科
-
烏山 昌幸
名古屋工業大学大学院工学研究科
-
竹内 一郎
名古屋工業大学
-
石川 勇太
名古屋工業大学
-
磯部 浩太
名古屋工業大学
-
烏山 昌幸
名古屋工業大学
-
泉 泰介
名古屋工業大学
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