CP-PACSにおける空間分割法による分子動力学法シミュレーション
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概要
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本稿では、超並列計算機CP-PACS上で空間分割法による分子動力学法 (MD) シミュレーションを実行し, その性能評価並びに分子分割法との比較検討を行なう. メッシュ系ネットワークを持つ並列計算機におけるMDシミュレーションでは, そのノード間通信パターンの制約からブロック分割に基づく空間分割法が一般的に採用され, 負荷分散のために処理が複雑化する場合が多い. これに対し, CP-PACSでは広域通信に強いというネットワーク特性を活かし, サイクリック分割による自然な負荷分散が実現でき、256ノードを用いた実測によりこれを確認した. また, CP-PACSにおける分子分割法によるMDシミュレーションの問題点であった, メモリ容量の制約に関しても, 空間分割法が有効であることを示す. 実測の結果, 対象とする分子数と必要メモリ量の関係から, 最適な問題分割アルゴリズムがノード台数と分子数に依存して決まることも明らかになった. この結果, 64MB/ノードという比較的少量のメモリで, 256ノードを用いて6700万分子の液体アルゴンのシミュレーションが釣150秒/ステップで行なえることがわかった.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1997-12-12
著者
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