超並列計算機CP-PACSにおける大規模分子動力学法シミュレーション (<特集>並列処理)
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概要
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本論文では, 超並列計算機CP-PACS上で分子分割法および空間分割法による分子動力学法(MD)シミュレーションを実行し, その性能評価ならびに両並列化手法の比較検討を行う. 広域通信に強いというCP-PACSのネットワーク特性を活かすことにより, 両並列化手法において負荷分散を考慮したデータと処理の分割が可能である. さらに, CP-PACSにおける分子分割法によるMDシミュレーションの問題点であったメモリ容量の制約に関しても, 空間分割法を用いることによりこれを克服し, 大規模なシミュレーションも可能であることを示す. 実測の結果, 対象とする分子数と必要メモリ量の関係から, 最適な問題分割アルゴリズムがノード台数と分子数に依存して決まることも明らかになった. この結果, 64 MB/ノードという比較的少量のメモリで, 256ノードを用いて6700万分子の液体アルゴンのシミュレーションが約130秒/ステップで行えることが分かった.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1999-05-15
著者
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