CONFLEX-G : OmniRPCによるグリッド環境上での分子立体配座探索プログラムの実装と性能評価(グリッド応用)
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概要
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グリッド環境での並列プログラミングのためのGridRPCシステムであるOmniRPCを使用し分子配座空間探索プログラムCONFLEXのグリッド環境への実装と性能評価を行った.CONFLEXの分子配座探索において処理時間の大部分を占める試行構造最適化をグリッド環境の計算資源に割り当て,全体のスループットの向上を可能とした.OmniRPCを使用したCONFLEX-GとMPI版のCONFLEXをローカルなPCクラスタで性能評価を行い,ほぼ同じ性能が得られることを確認した.また,広域ネットワーク環境で複数のクラスタを使用し性能評価を行い,分子の原子数が大きく,1つの試行構造最適化の処理時間が長い場合において性能向上を確認した.1BL1分子の配座探索においてCONFLEX-Gは56倍高速に処理することができた.さらに,試行構造最適化にかかる時間のばらつきが高速化を妨げる原因になっているということも分かった.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2004-05-15
著者
-
中島 佳宏
筑波大学大学院システム情報工学研究科
-
朴 泰祐
筑波大学電子・情報工学系
-
佐藤 三久
筑波大学電子・情報工学系
-
高橋 大介
筑波大学電子・情報工学系
-
後藤 仁志
豊橋技術科学大学
-
高橋 大介
筑波大学計算科学研究センター
-
中島 佳宏
筑波大学大学院システム情報工学研究科:日本学術振興会
-
後藤 仁志
豊橋技術科学大学大学院
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