塩基列の長さと重複率に基づくSVMを用いたエクソン領域抽出精度の向上法
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概要
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ABSTRACT In this report, we evaluate the base-encoding methods to identify Exon-Intron boundaries by Sup-port Vector Machine. In conventional experiments, 2-bits for 4-bits binary encoding was employed to describe bases. We focuced on that only the euclidean distance is used in Support Vector Machine, then propose three-tuple encoding which has the same euclidean distance among four encoded bases with small dimensions. In addition, we also show a new method how to decide the shortest sequence of bases to identify boundaries. Experiments showed that our method could achieve good identification ratio.
- 宮崎大学の論文
- 2006-08-30
著者
-
山森 一人
宮崎大学工学部情報システム工学科
-
吉原 郁夫
宮崎大学工学部
-
藤田 祐司
宮崎大学大学院 工学研究科
-
冨成 裕輔
宮崎大学工学研究科情報工学専攻
-
藤田 祐二
宮崎大学工学研究科情報工学専攻
-
山森 一人
宮崎大・工・情報システム
-
山森 一人
宮崎大学工学部
-
冨成 裕輔
宮崎大学工学研究科
-
山森 一人
宮崎大学工学教育研究部
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