サポート・ベクター・マシンにおける遺伝子のエクソン・イントロン境界識別に適した塩基表現
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概要
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本報告では, 遺伝情報解析の有効な手段の1つであるサポート・ベクター・マシンを用いて, 遺伝子のエクソン・イントロン境界識別を行う. SVMを用いた研究の多くでは, 遺伝的プログラミングやニューラルネットワークなどによる研究と同様に各塩基のコード化には, 2変数表現, 4変数表現が用いられている. そこで, 我々はサポートベクター・マシンが学習データの識別にユークリッド距離を用いることに注目し, コード化した塩基間のユークリッド距離を均一としつつ, 変数を減らした3変数表現を提案する. さらに, 各表現でコード化された塩基列データを用い, 認識精度の比較・検討を行った. その結果, 3変数表現でも4変数表現と同様の高い識別率を得ることができた.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2006-01-05
著者
-
山森 一人
宮崎大学工学部情報システム工学科
-
吉原 郁夫
宮崎大学工学部
-
藤田 祐司
宮崎大学大学院 工学研究科
-
藤田 祐司
宮崎大学工学研究科情報工学専攻
-
冨成 裕輔
宮崎大学工学研究科情報工学専攻
-
山森 一人
宮崎大・工・情報システム
-
山森 一人
宮崎大学工学部
-
冨成 裕輔
宮崎大学工学研究科
-
山森 一人
宮崎大学工学教育研究部
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