DPマッチングによるゲノムに内在する特徴パターン抽出の高速化
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概要
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塩基配列に含まれる未知の特徴パターンを探索するためにDPマッチングによるアラインメントを用いる. 塩基長nまでの特徴パターンを探索するためには, 長さN=2, 3, …, nの候補パターンについてDPマッチングを用いてアラインメントを求める必要がある. このときnを大きくすると候補パターンの数はO(4^<n+1>)で爆発的に増大するため, これを回避するための手法を提案する. それは探索途中で求められるnより短い候補パターンの類似度を再利用し高速化するものである. 本手法を用いて特徴パターン抽出実験を行った結果, n=10のとき従来法に対して9倍以上の高速化を達成した.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2006-01-05
著者
-
安永 守利
筑波大学大学院システム情報工学研究科
-
安永 守利
筑波大学システム情報工学研究科
-
安永 守利
筑波大学電子・情報工学系
-
安永 守利
日立中央研究所
-
山森 一人
宮崎大学工学部情報システム工学科
-
吉原 郁夫
宮崎大学工学部
-
中川 匠
宮崎大学工学研究科
-
山森 一人
宮崎大・工・情報システム
-
山森 一人
宮崎大学工学部
-
山森 一人
宮崎大学工学教育研究部
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