ゲノム解析に用いるDPマッチングの分割統治法による高速化

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概要

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• ABSTRACT Alignment based on DP-matching is used to extract unknown feature pattern embedd ed in genome sequence. To extract feature pattem with base length n, complete set of similarity of c andidate pattern with base length N = 2, 3, ･ ･ ･ , n is required. When extending base length n, number of candidate pattern and execution time i ncrease exponential order O(4n+1 ). This paper propose a new faster method of extracting feature pattern by reusing similartiy which is calculated past step. The method enable extracting feature pattern with base length n = 10 to speed up as much as 9 times than conventional method.

• 宮崎大学の論文
• 2006-08-30

著者

• 安永 守利

  筑波大学大学院システム情報工学研究科

• 安永 守利

  筑波大学システム情報工学研究科

• 安永 守利

  日立中央研究所

• 山森 一人

  宮崎大学工学部情報システム工学科

• 吉原 郁夫

  宮崎大学工学部

• 中川 匠

  宮崎大学工学研究科

• 安永 守利

  筑波大学 電子・情報工学系

• 山森 一人

  宮崎大・工・情報システム

• 山森 一人

  宮崎大学工学部

• 山森 一人

  宮崎大学工学教育研究部

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