GPUを用いた3次元Smith-Waterman法の高速化手法の提案(理論とアルゴリズム,デザインガイア2011-VLSI設計の新しい大地-)
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概要
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近年,画像処理用のアクセラレータであるGPUを,汎用計算に用いる研究が多く行われている.多数のコアを持つGPUは並列処理において高い計算性能を発揮する.GPUによる高速化が期待されているアルゴリズムの1つにSW(Smith-Waterman)法が挙げられる.SW法は,DNA配列中の類似部分を探索する配列アラインメントの手法のひとつである.その応用として,脳血流をリアルタイムで測定する光トポグラフィの時系列データを解析する試みが行われている.しかし,多数の系列からなる光トポグラフィの出力を, 2系列のデータを対象とするSW法で解析するには,系列数の拡張と演算量緩和への対応が課題となる.そこで本研究報告では,3次元SW法を提案し,CPUおよびGPUを対象に実装を行った.速度比較による評価を行い,3次元SW法がGPUを用いて高速化できることを確認した.
- 2011-11-22
著者
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