FPGAグリッドを用いたHMMERの高速化(数値計算)
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概要
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HMMERはプロファイルHMM検索によく使用されているソフトウェアのーつである.HMMERはーつのプロファイルHMMと,N個のシークエンスとをN個のノードを用いて並列に比較することで高速化することができる.しかしながら,HMMERはCPUに負荷をかける問題である.HMMERにおいて動的計画法であるビタビアルゴリズムがプロファイルHMMとシークエンスを整列するのに使用されている.専用のハードウェアを使うことで,ビタビアルゴリズムにおける検索空間を並列に複数のノードで処理することによって高速化することができる.本論文では,FPGAグリッドを用いたHMMERの検索を高速化する手法を述べる.FPGAグリッドにおいて,それぞれのノードのFPGAは並列にビタビアルゴリズムを実行する.
- 2010-09-09
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