FPGAを用いたHMMERの高速化(リコンフィギャラブル応用)
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概要
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本論文ではFPGAを用いたHMMERの高速化手法について述べる.HMMERはプロファイルHMMを用いたタンパク質配列検索プログラムである.プロファイルHMMではモデルの最後から最初へのフィードバック経路が許されており,この経路がHMMERで用いられているビタビアルゴリズムの並列計算を難しくしている.我々の手法では投機的な並列処理を行い,結果的にフィードバック経路が選択された場合にはフィードバックスコアを用い再計算を行う.FPGAを用いたHMMERの高速化における他の問題点は,プロファイルHMMに必要となるスコアテーブルの大きさである.二次元探索空間における探索方向とそれぞれの計算回路の走査方向を直行させることにより,スコアテーブル用のメモリー量を最小化することができる.この最適化によりデータベース中のすべてのプロファイルHMMを計算することが可能になる.
- 2009-05-07
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