FPGAを用いたショートリードマッピングの高速化(FPGA応用(1),リコンフィギャラブルシステム,一般)
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概要
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次世代シーケンサー(NGS)は一台のマシンで一日あたり千億塩基対以上の解析を可能にした.NGSが読み出す数十から数百塩基程度に断片化されたDNA配列をショートリードと呼ぶ.断片化前の塩基配列を得るためには,それぞれのショートリードが元の配列のどの部分であったのかを特定する必要がある.この処理をショートリードマッピングと呼ぶ.数百万以上のリードに対しマッピング処理を行う必要があるため処理速度が重要である.そこで我々はHash-index法に基づいたFPGAシステムを提案する.我々が提案するシステムではseed(ショートリード中の固定長の部分配列)をバケットソートし,マッピング候補と並列に比較する.さらに,この手法ではDRAMへのランダムアクセスを削減することができ,処理時間がDRAMへのランダムアクセスの際の遅延に依存しないため,FPGAのリソースにて決定される並列度に応じて高速化を図ることができる.
- 一般社団法人電子情報通信学会の論文
- 2013-05-13
著者
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