イネのトランスポゾンディスプレイ解析のためのデータベースシステム
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
本研究では, トランスポゾンを用いた遺伝子型と表現型との相関解析を支援するデータベースシステムを構築し, イネのトランスポゾンmPingを利用した実験に適用し評価した.我々は, mPingを利用して大規模なイネの変異体シリーズを作成し, 遺伝子型と表現型との関係を解析することで遺伝子機能の推定を目指している.しかし, 実験結果から変異の発見作業に多大な労力がかかることが, 実験規模を拡大する上でのボトルネックの一つであった.本システムでは, 実験で得られる全データをデータベースに格納し, 実験結果から変異を発見後, 表現型との相関を解析するまでの効率的なインタフェースを提供する.本システムをmPingを利用した実験に適用した結果, 波形データの重ね合わせや変異箇所候補の自動検出などの効果で, 作業時間を従来の数分の一程度に短縮できた.本システムにより, ハイスループットに大規模な実験や解析を行うことが可能となる.
- 情報知識学会の論文
- 2006-01-19
著者
-
井上 悦子
和歌山大学
-
中川 優
和歌山大学
-
吉廣 卓哉
和歌山大学システム工学部
-
川路 英哉
(株)NTTソフトウェア
-
川路 英哉
NTTソフトウェア
-
堀端 章
近畿大学生物理工学部
-
中川 優
和歌山大学システム工学部
-
井上 悦子
和歌山大学システム工学部
関連論文
- 聖教書誌情報全文検索システムのスタンドアロン化の試み
- 生活習慣病予防教室における効果傾向抽出のためのデータマイニングシステム
- イネ細粒遺伝子slgホモ系統にみられたトランポゾン 'Sairyu'によるRurm1座の塩基配列多型
- SPP授業「天体までの距離と年齢の推定」での教材開発
- 思考展開図を用いたSQL文の可視化手法(第17回(2009年度)年次大会(研究報告会&総会))
- 太陽光栽培下における紫外線補光がスプレーギクの花色に及ぼす効果
- 条件付き確率及び統計的指標を用いた発現量データからの組合せ的なタンパク質相互作用の推定 (ニューロコンピューティング)
- 条件付き確率及び統計的指標を用いた発現量データからの組合せ的なタンパク質相互作用の推定 (非線形問題)
- 大規模クラスタリング結果のグラフによるインタラクティブな可視化手法(データ可視化,データ工学論文)
- 発現量データを用いた相関係数によるタンパク質の複合的な相互作用の推定
- 黒毛和種肥育牛の枝肉形質バイオマーカーの探索I : 大規模プロテオーム解析情報と血統・枝肉形質情報の統合情報管理システムの構築
- 5ZJ-7 大規模なクラスタリング結果に対する探検型可視化システムの構築(バイオ情報学,学生セッション,コンピュータと人間社会)
- 5ZJ-4 判別分析を用いた形質への影響たんぱく質を発見するデータマイニング手法(バイオ情報学,学生セッション,コンピュータと人間社会)
- 2T-3 ブランド牛(飛騨牛)の繁殖農家のための種雄牛選択支援システム(データマイニング,学生セッション,データベースとメディア)
- 無線アドホックネットワークにおける安定経路利用のための動的なリンクコスト変更
- 植物の育種・栽培試験のためのデータ分析支援システム
- 大規模クラスタリング結果のグラフによるインタラクティブな可視化手法 （情報処理学会 情報学基礎研究会（ＦＩ）第８５回 発表論文）
- 大規模クラスタリング結果のグラフによるインタラクティブな可視化手法
- インターネットを利用した遠隔健康管理システムの試み(第14回(2006年度)年次大会(研究報告会&総会))
- B-7-49 既存通信を保護できる自律分散型IPアドレス自動設定方式(B-7.情報ネットワーク,一般講演)
- 携帯電話を用いた糖尿病看護支援システム(セッション7: 社会システム・教育支援システム)
- 第二のルーティングテーブルを用いた柔軟な負荷分散手法(インターネット及び一般(2), インターネット及び一般)
- イネのトランスポゾンディスプレイ解析のためのデータベースシステム
- 低温順化処理ステージが水稲幼苗の順化型耐冷性誘導に及ぼす影響
- イネ細粒遺伝子slgがゲノムDNAのメチル化に及ぼす影響
- japonica型水稲品種銀坊主×はやゆきの交雑F_3世代における幼苗期耐冷性の変異
- ジャポニカ型水稲幼苗の低温処理による耐冷性の誘導とその保持期間
- 65 イネ極穂重型遺伝子型間に見られるOsSUT1とOsAGPL2に関する塩基配列多型および登熟との関係(光合成・呼吸・物質生産/代謝・分配/発芽・発育,日本作物学会第225回講演会)
- TiNi形状記憶合金マイクログリッパの設計と特性評価
- アンカーPCR(APCR)法を用いたトランスポゾンディスプレイにおける選択塩基の効果
- イネの穂首形態に関する変異の遺伝解析ならびに発育形態学的解析
- ORFを内在するイネトランスポゾンSairyu (Sairyu-LA)の挿入位置に関する品種間差異
- ジャポニカ型水稲の幼苗期耐冷性 9.低温順化処理効果の保持期間
- イネ細粒遺伝子slgホモ系統にみられたトランポゾン 'Sairyu'によるRurm1座の塩基配列多型
- イネ易変性細粒遺伝子slgとRurml座Sairyu挿入遺伝子との対立性検定
- イネの葉に含まれる8脂質分子種の脂肪酸組成に関するmutator誘発突然変異
- ジャポニカ型水稲の幼苗期耐冷性 8.低温順化処理の幼苗期耐冷性に及ぼす効果
- 2, 3, のイネ細粒系統に見られる細粒遺伝子 slg の高頻度復帰突然変異について
- イネ細粒遺伝子slgの復帰突然変異性およびそれが突然変異誘発因子の活性に及ぼす影響
- イネmutatorの育種的利用に関する研究14.組織培養が易変性細粒遺伝子slgの復帰突然変異におよぼす遺伝的効果
- イネ脂質代謝経路上のmutator誘発突然変異
- 組織培養によって誘発されたイネの早期枯上り突然変異
- イネ細粒遺伝子slgホモ系統にみられたトランポゾン 'Sairyu'によるRurm1座の塩基配列多型
- 統計的手法による辞書未登録語の獲得法
- 古典籍書誌情報におけるキーワード抽出手法(創立20周年記念 第16回(2008年度)年次大会(研究報告会&総会))
- 人文研究を支援するデータベースシステム : 聖教検索および系図表示(第15回(2007年度)年次大会(研究報告会&総会))
- 仏典データベースのための画像処理について
- 仏典画像閲覧のためのデータベースシステムの構築(第13回(2005年度)研究報告会講演論文集)
- 平安・鎌倉時代を対象とした僧侶データベースシステム : 概要とその後の展開
- 平安・鎌倉時代を対象とした僧侶データベースシステム
- 聖教書誌情報全文検索システムのスタンドアロン化の試み
- 神経心理学検査法による痴呆症診断システムの試作
- 条件付き確率及び統計的指標を用いた発現量データからの組合せ的なタンパク質相互作用の推定
- 音声認識装置を用いた介護保険業務支援システムの構築(「次世代Web技術とディジタルエンタープライズ」及び一般)
- 聖教書誌情報全文検索システムの構築
- 発現量データからの相関係数によるタンパク質間相互作用の推定手法
- D-7-5 相関係数を用いた遺伝子相関の可現化のための測定値の有意性判定(D-7. MEとバイオサイバネティックスA)
- 作物生産における太陽エネルギーの分割利用--単色光照射がエンドウの生産性に及ぼす影響
- 花園村遠隔看護システムの構築
- 消費者参加型ギフトセット商品開発のビジネスモデル(セッション2: 位置情報・ネットビジネス)
- 消費者参加型ギフトセット商品開発のビジネスモデル(セッション2: 位置情報・ネットビジネス)
- 右側頭葉を重点的に活性化するソフトの試作
- 高次脳機能と痴呆症
- 小児在宅医療患者を対象としたコンピュータネットワークによる遠隔看護システムの構築
- D-7-9 在宅介護支援のための健康情報管理システム(D-7. MEとバイオサイバネティックス,一般セッション)
- D-4-6 自記式アンケートのためのデータベースおよびデータマイニング(D-4.データ工学,一般講演)
- 仏典データベースのためのテキスト処理について
- データマイニング技法を用いた診断アンケート支援システム
- 産学連携のための教員検索システム
- 産学連携のための教員検索システム
- データマイニング技法を用いたアンケート支援システムの構築(「次世代Web技術とディジタルエンタープライズ」及び一般)
- 平安・鎌倉時代僧侶データベースの構築
- 関係データベースを用いた平安・鎌倉時代僧侶検索システムの構築
- 同業者を集めた電子モールシステムの構築
- 大量な2次元画像に関する検索管理技術
- 3次元画像デザインに対するネットワークコラボレーション支援システムの試作
- 携帯電話を用いた糖尿病看護支援システム(セッション7: 社会システム・教育支援システム)
- 第二のルーティングテーブルを用いた柔軟な負荷分散手法(インターネット及び一般(2), インターネット及び一般)
- IP Fast Reroute方式SBRを用いた複数回の迂回が可能な動的負荷分散方式
- 生活習慣病予防のための競争意識を利用した歩行継続支援システム
- 転写因子結合部位の計算機予測 (ゲノムネットワーク) -- (横断的解析方法とデータ ゲノムネットワークのインフォマティクス)
- 若手研究者向けの耳寄りな話(情報知識学会創立20周年記念特別号)
- コンピューターネットワークを用いた新観光サービスの提案と情報危機管理 : 技術者の実践的な育成法について
- 概念設計のためのCAIシステムの試作
- 3次元画像デザインに対するネットワークコラボレーション支援システムの試作
- 全文検索エンジン選定支援システムの構築
- 小学校低学年を対象とした道徳教育支援システム
- 生活習慣病予防のための競争意識を利用した歩行継続支援システム
- 無線アドホックネットワークにおける安定経路利用のための動的なリンクコスト変更
- 全文検索エンジン選定支援システムの構築
- D-9-42 光ディスク作成支援のためのコンテンツデータベースシステムの構築(D-9.ライフインテリジェンスとオフィス情報システム,一般セッション)
- D-13-2 NoSQLプログラミングを支援するラッパーの構築(D-13.知能ソフトウェア工学,一般セッション)
- 第20回年次大会予稿 Automatic Conversion of SQL statements into NoSQL queries (特集 第20回(2012年度)年次大会(研究報告会&総会))
- 黒毛和種肥育牛の枝肉形質バイオマーカーの探索II : 個体の性差と種雄牛の遺伝的背景が白色脂肪組織のタンパク質発現に及ぼす影響
- SQL-NoSQL自動変換の試み
- 無線メッシュネットワークにおける通信安定化のための転送リンク切替手法(モバイルアプリケーション,ユビキタスサービス,モバイル分散クラウド,モバイルアドホックネットワーク,センサネットワーク及び一般)
- Large-scale proteomic analysis of Japanese Black cattle:Part II. Assessment of gender and genetic background effects
- 小学校低学年を対象とした基本的な生活習慣の教育を支援する情報システム
- OLSRにおける迂回路構築法に関する一考察(無線ネットワークとデバイス,モバイルアプリケーション,ユビキタスサービス,モバイル分散クラウド,モバイルアドホックネットワーク,センサネットワーク,モバイルネットワーク及び一般)