ゲノム解析のための配列歩行システム
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概要
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ヒトゲノム解析計画の進展に伴い, 大量のゲノム配列データの利用が可能となってきた.大量の配列データを利用した新しいゲノム解析手法にゲノム配列歩行がある.断片配列データベースに対する配列歩行により, 遺伝子断片を用いて問合せ配列が属する遺伝子の全体配列を推測することができる.研究者は, 配列歩行により生物学的実験を行わずにゲノム配列を推測することができ, 配列決定の際の時間と費用を削減できる.従来は著名なBLASTを用いて配列歩行が実行されてきたが, BLASTは類似検索に基づくツールであるため, 同じ遺伝子の断片をつなぎ合わせる配列歩行には, 効率の点からも精度の点からも不適切である.本研究で我々はゲノム配列歩行が類似検索の問題ではなく, 誤りを許す文字列照合問題であることを明らかにした.更に配列歩行により適切な文字列照合アルゴリズムを改良することにより配列歩行専用システムを構築し, WWWにより公開した.配列歩行システムは従来のBLASTを用いた配列歩行よりも短時間で精度の良い配列歩行を実現することで, 研究者の負担を軽減した.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2001-01-01
著者
-
石田 亨
京都大学大学院情報学研究科社会情報学専攻
-
三浦 輝久
京都大学大学院情報学研究科
-
高瀬 俊郎
京都大学大学院情報学研究科通信情報システム専攻
-
高瀬 俊郎
京都大学大学院情報学研究科
-
石田 亨
京都大学大学院情報学研究科
-
石田 亨
京都大学大学院 情報学研究科
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